طبق مصوبه نشست قبل کارگروه تخصصی شورای گفت‌‌‌وگو قرار شد متن آیین‌‌‌نامه توسط موسسه تدوین و برای دبیرخانه ارسال شود تا از این طریق در اختیار تشکل‌ها قرار بگیرد و نظرات تشکل‌ها دریافت شود و براساس این نظرات، اصلاحات صورت بگیرد. درنهایت موسسه خاک و آب مدعی شد که طرح این مساله در دبیرخانه شورای گفت‌‌‌وگو موضوعیت ندارد، در حالی که این مهم توسط قانون مورد تاکید قرار گرفته است. با این حساب نماینده این موسسه در نشست اخیر کارگروه نیز حضور پیدا نکرد. در این شرایط انجمن‌‌‌های تولیدکنندگان کودهای زیستی و آلی، تولیدکنندگان کودهای کشاورزی و واردکنندگان کود معتقدند همچنان ایرادات اساسی نسبت به آیین‌‌‌نامه وجود دارد که باید اصلاح شود. نواقصی که از منظر بخش خصوصی در آیین‌‌‌نامه ثبت و کنترل انواع مواد کودی وجود دارد، به این شرح است: نکته اول وضعیت نامناسب آزمایشگاه‌‌‌های همکار است که نتایج هریک از آنها درباره یک نمونه مشخص، متفاوت و گاهی حتی متناقض است. این پاسخ‌‌‌های متفاوت بیانگر غیراستاندارد بودن آنهاست که متاسفانه نظارتی بر آنها صورت نمی‌گیرد و این مهم در متن آیین‌‌‌نامه نیز دیده نشده است. از طرفی طبق متن آیین‌‌‌نامه، قاضی و ناظر بر آزمایشگاه‌‌‌ها یک دستگاه است که روند منطقی نیست و باید اصلاح شود.
آیین‌‌‌نامه درباره چگونگی جبران آسیب ناشی از اتهام اشتباه به تولیدکنندگان که اعتبار و برند آنها آسیب دیده است، سکوت کرده و رویه‌‌‌ای را تعریف نکرده است. در این خصوص ضرورت دارد جایگاهی برای سازمان استاندارد به عنوان متولی اصلی موضوع استاندارد در کشور دیده شود. موسسه آب و خاک متنی را تهیه کرده که با آنچه در جلسات با تشکل‌ها توافق شد، تضاد دارد و این مورد اعتراض است. مشکل دیگر آیین‌‌‌نامه این است که واحدهای بدون مجوز و ثبت‌نشده را تحت تعقیب قرار نمی‌‌‌دهد و فقط تخلفات واحدهای دارای مجوز را شامل می‌شود. بنابراین یکی از اصلاحاتی که باید اتفاق بیفتد این است که برای برخورد با واحدهای غیرقانونی و بدون مجوز شیوه‌‌‌نامه‌‌‌ای تعریف شود. به این ترتیب مقرر شد انجمن مربوطه مصادیق موجود درباره تولیدات غیرقانونی انواع کود را در اختیار تعزیرات قرار دهد تا رسیدگی شود. سازمان ملی استاندارد نیز به موضوع آزمایشگاه‌‌‌های همکار ورود کرده و آنها را بررسی و نسبت به ارائه گواهی ملزم کند.
