علی مطهری با اشاره به مذاکرات کمیسیون برجام در وین و ناخشنودی برخی افراد نسبت به این سلسله نشست‌ها گفت: برخی از افراد از اینکه مذاکرات وین در حال پیشرفت است و احتمال لغو تحریم‌ها و احیای برجام وجود دارد نگران هستند. حتی به جاهایی هم اعلام نگرانی کرده‌اند که اگر مذاکرات پیش برود طرف مقابل رأی می‌آورد. بنابراین این گفت‌وگوها را متوقف کنیم و برای دولت آینده بگذاریم.
مطهری تاکید کرد: چنین اخلاقی بسیار ناپسند است که ما به خاطر منافع خودمان، منافع و مصالح مردم و کشورمان را زیر پا بگذاریم. ما باید به دنبال مشارکت بالا باشیم، اگر اعلام شود ۷۰ درصد مردم در انتخابات شرکت کرده‌اند در واقع یک پیام به دنیا مخابره کرده‌ایم که جمهوری اسلامی ایران متکی به مردم است و دشمنان هر کاری را نمی‌توانند انجام بدهند اما اگر خواهان برگزاری انتخاباتی شبیه انتخابات مجلس یازدهم باشیم، بسیار بد است و آن رئیس جمهور قوام لازم را ندارد.
وی درباره توصیه مقام معظم رهبری به سیدحسن خمینی به منظور عدم شرکت در انتخابات ریاست جمهوری گفت: قبلا گفته‌ام شخصا مخالف هستم که روحانیون در پست اجرایی دولتی خصوصا ریاست جمهوری قرار گیرند چه برای جناب سیدحسن خمینی و چه برای دیگران. فکر می‌کنم اعلام عمومی آن از این جهت بوده است که نوه گرامی امام(ره) خواسته‌اند جواب کسانی را بدهند که اصرار داشته‌اند ایشان بیاید. بنابراین با رهبری صحبت کرده‌اند و گفته شده که ایشان موافق نیستند. در واقع سید حسن خمینی با این کارش خواست حجت را بر آنهایی که اصرار داشتند وی در انتخابات شرکت کند تمام کند و بگوید من به این دلیل نمی‌توانم بیایم.
