کووی بعد از آن با یک شرکت فناوری به نام «دیجی‌دیزاین» شروع به همکاری کرد تا سهام آن عرضه عمومی شود. این شرکت به «اوید» در بوستون فروخته شد.
در میانه دهه نود کووی به سیلیکون‌ولی بازگشت و در چند مصاحبه استخدامی با شرکت‌هایی نظیر «ایکسایت» و «ماریمبا» شرکت کرد. اما در ۱۹۹۶ به آمازون پیوست و مدیر ارشد مالی و بعدتر مدیر ارشد راهبردی آن شرکت شد. با کمک وی ۵۰۰ میلیون دلار به سود این شرکت افزوده شد. مجله فورچون در ۱۹۹۹ جوی کووی را در فهرست «قدرتمندترین زنان عرصه تجارت» در رتبه بیست و هشتم جای داد. وی در سال ۲۰۰۰ به خواسته خود آمازون را ترک کرد. گفته می‌شد که وی از سبک دیوانه‌وار زندگی اینترنتی خسته شده بود.
مجله فورچون درباره وی نوشت:
«زنانی مانند جوی کووی که در فهرست ما قرار دارند از مادران خود آموخته‌اند که چگونه از رنج قوی شوند. طی جنگ‌جهانی دوم جوان کووی (مادر جوی) که اصالتا هلندی بود در اندونزی زندگی می‌کرد. هنگامی که ژاپنی‌ها به اندونزی حمله کردند او به مدت دو سال زندانی شد. جوی درد و رنج مادرش در آنجا را می‌دید و این عذاب از جوان، زنی خودساخته و با اعتماد‌به‌نفس بالا ساخت؛ جوی نیز چنین شخصیتی دارد.»
کووی پیش از مرگش عضو هیات‌امنای «شورای دفاعی منابع طبیعی» بود و صاحب یک پسر بود. وی خلبانی هم می‌کرد. کووی در ۱۸ سپتامبر با یک ون در جاده‌ای در کالیفرنیا تصادف کرد و درگذشت. جالب آنکه بعدتر مشخص شد این ون در حال حمل بسته‌های آمازون بوده است.
