علی رغم ویژگی ضد میکروبی، عسل در شرایط خاصی می‌تواند فاسد شده و باعث مسمومیت شود. آلودگی، جعل عسل، نگهداری اشتباه و خراب شدن در طی زمان طولانی از دلایل خراب شدن عسل هستند.
عسل ممکن است آلوده شود: به طور طبیعی، میکروارگانیسم‌هایی از قبیل باکتریها، قارچ‌ها و مخمر‌ها در عسل وجود دارند که دلایل زیادی دارد از قبیل گرده، دستگاه گوارش زنبور عسل، گردوخاک موجود در هوا، آلودگی هوا، و گلها.
به دلیل خاصیت ضد میکروبی عسل که بالاتر درباره اش صحبت کردیم، این میکروارگانیسم‌ها در مقدار خیلی کم در عسل وجود دارند و قادر به رشد و تکثیر نیستند، که باعث می‌شود برای سلامتی ما خطری نداشته باشند. میزان زیاد میکروارگانیسم‌ها در عسل می‌تواند نشانه آلودگی ثانویه باشد که در جریان فرآوری، نگهداری، انتقال و… اتفاق افتاده باشد.
عسل ممکن است حاوی ترکیبات سمی باشد: وقتی زنبور‌های عسل در حال جمع آوری شهد و عصاره گلها و گیاهان مختلف هستند، ترکیبات سمی ممکن است وارد عسل شود.
برای مثال، عسلی که از نوعی گیاه آزالیا به دست میاد سمی است و ممکن است باعث سرگیجه و حالت تهوع و ایجاد مشکلاتی در فشار خون شود. (این گیاه در کشور ایران نمی‌روید)
عسل ممکن است جعل شود: عسل محصولی است که تقریبا گران است و تولید آن زمانبر است. به این دلیل سال‌های زیادی است که بعضی اقدام به جعل آن می‌کنند. جعل عسل بیشتر با افزودن شکر و دیگر شیرین کننده‌ها برای ارزانتر کردن و افزایش تولید آن انجام می‌شود.
برای ارزانتر کردن تولید عسل، زنبور‌ها با آب شکر تغذیه می‌شوند یا شکر مستقیما به عسل اضافه می‌شود. همچنین برای سریع‌تر کردن تولید، ممکن است عسل زودتر از رسیدن، برداشت شود که باعث می‌شود آب موجود در آن بیشتر باشد.
معمولا زنبور‌ها عسل را در کندو ذخیره می‌کنند و آن را آب زدایی می‌کنند. معمولا کمتر از ۱۸ درصد آب در عسل می‌ماند. اگر عسل خیلی زودتر برداشت شود، آب موجود در آن ممکن است بیشتر از ۲۵ درصد باشد که باعث می‌شود فاسد شده و مزه آن بد شود.
ممکن است عسل به صورت اشتباه نگهداری شود: اگر عسل به صورت بد نگه داری شود، ممکن است خاصیت ضد میکروبی خود را از دست بدهد یا آلوده شود و شروع به فاسد شدن کند. اگر درب ظرف نگهداری عسل باز باشد و خوب مهر و موم نشود، میزان رطوبت موجود در آن ممکن است از ۱۸ درصد بالاتر رود و شروع به فاسد شدن کند.
همچنین اگر درب ظرف عسل باز باشد، ممکن است میکروارگانیسم‌ها وارد آن شوند و اگر میزان رطوبت بالا رود باعث رشد این میکروارگانیسم‌ها شود. حرارت دادن عسل در دمای بالا ممکن است اثر معکوس داشته باشد و باعث تغییر رنگ و مزه عسل شود.
ممکن است عسل در طول زمان، کریستالیزه و یا فاسد شود: حتی اگر خوب نگهداری شود، باز هم ممکن است کریستالیزه شود. این شاید به این دلیل باشد که میزان شکر زیادی دارد و نمیتواند به خوبی حل شود. کریستالیزه شدن به معنی فاسد شدن عسل نیست.
عسل کریستالیزه شده کم رنگ‌تر و روشن‌تر است. حتی از حالت عادی مات‌تر دیده می‌شود. خوردن این عسل مشکلی ندارد، هر چند آب آزاد شده ممکن است باعث فاسد شدن عسل شود. در کل، عسل در طی گذشت زمان، ممکن است تیره‌تر شده و طعم و مزه خود را از دست بدهد. هرچند برای سلامتی خطری ندارد.
عسل ممکن است آلوده شود، اگر زنبور‌ها از گیاهان سمی تغذیه کنند. یا ممکن است جعل شود یا به صورت نامناسب نگهداری شود. کریستالیزه شدن یک فرایند طبیعی است و در کل به معنی خراب شدن عسل نیست.
عسل یک ماده مغذی خوشمزه و شیرین است که نسبت به مکانی که در آنجا تولید شده مزه و رنگ و بوی متفاوتی دارد. با توجه به میزان قند بالا و رطوبت کم عسل، همچنین میزان pH پایین و خاصیت ضد میکروبی آن، ممکن است سال‌ها و حتی دهه‌ها سالم بماند.
