به گزارش ورزش سه تومسیلاو ایویچ به تازگی سرمربی تیم ملی شده بود و قرار بود ایران را برای حضور در جام جهانی ۹۸ آماده کند. به عادت آن روزهای آغازین حضورش در ایران که به تمرینات تیم‌های لیگ سر می‌زد به ورزشگاه کارگران رفته بود تا تمرینات تیمی را ببیند که به تازگی هموطنش ایوان مت‌کویچ سرمربی آن شده بود. امیر عابدینی در غیاب ملی‌پوشان تیمش، بازیکنان تیمش را به ایویچ معرفی می‌کرد. دست بازیکن تازه جذب شده تیمش را گرفت و به سمت ایویچ برد و گفت این حمید مطهری است که مطمئنم به زودی یک کریم باقری دیگر در فوتبال ایران خواهد شد. عابدینی، مطهری را بدون دردسر از تیم کشاورز جذب پیراهن قرمز کرده بود و در او آینده‌ای درخشان می‌دید. اما آینده برای حمید مطهری آنچنان که عابدینی پیش‌بینی کرده بود پیش نرفت.
طرفداران پرسپولیس حمید مطهری را بیشتر به واسطه بازی‌هایش در تیم امید می‌شناختند. تیمی پر ستاره با بازیکنانی چون نیما نکیسا، کریم باقری، ستار همدانی، مهرداد میناوند، اسماعیل حلالی، مهدی مهدوی‌کیا، ادموند بزیک، علی چینی، رضا آقامحمدی، پرویز برومند و ... که نتوانسته بود جواز صعود به المپیک ۱۹۹۶ آتلانتا را بگیرد. هر چند مطهری با زدن تک‌گل پیروزی بخش سپاهان از روی نقطه پنالتی مقابل پرسپولیس در سال ۷۲ تا حدودی نامش را در ذهن هواداران پرسپولیس حک کرده بود اما به دست گرفتن میانه زمین تیم امید آن هم در حضور آن همه هافبک، باعث شده بود تا وجهه‌ی یک هافبک طراح و خلاق را پیدا کند. مطهری در سال ۷۵ با نظر سیروس قایقران جذب تیم جوان کشاورز شد. اما هنرش در این تیم تماشاگر زیادی نداشت. همان روزهایی که مجله دنیای ورزش تیتر «گلی که ۶۴ تماشاگر داشت» را برای تک گل پیروزی بخش کشاورز در یکی از بازی‌هایش که توسط مطهری از روی نقطه پنالتی زده شده بود انتخاب کرد.
حمید مطهری در ترکیب تیم امید در سال ۱۳۷۴. در کنار ستاره‌هایی که اغلب به تیم ملی نیز راه یافتند. او بعدا با ادموند بزیک و حلالی و مهدوی‌کیا و نکیسا در پرسپولیس همبازی شد.
حمید مطهری در سال ۷۶ با نظر مساعد امیر عابدینی از کشاورز به پرسپولیس پیوست. هر چند ایوان مت‌کویچ در چند بازی تدارکاتی از او بهره برد اما مصدومیت و همچنین مجبور شدن پرسپولیس به کناره‌گیری از لیگ ۷۶ باعث شد تا او برای انجام اولین بازی رسمی‌اش در پرسپولیس تا لیگ آزادگان ۷۸-۷۷ صبر کند. در اولین بازی پرسپولیس مقابل پلی‌اکریل اصفهان او فرصت بازی را به دست نیاورد اما در بازی دوم مقابل چوکای تالش و در حالی که قرمزها سه بر یک از حریف خود عقب بودند او در نیمه دوم به بازی آمد اما نتوانست از شکست تیمش مقابل چوکا جلوگیری کند. این شکست و تساوی بدون گل هفته بعد مقابل فجرسپاسی در تهران باعث شد تا علی پروین که پس از پنج سال دوری از فوتبال به عنوان مدیرفنی به پرسپولیس بازگشته بود خود رأسا هدایت پرسپولیس را از بازی هفته چهارم و مقابل سایپا به دست بگیرد. در این بازی مطهری در نیمه دوم جانشین حامد کاویانپور شد تا اولین بازی خود را برای پرسپولیس در ورزشگاه آزادی انجام دهد. پیراهن شماره ۲۵ که تا فصل قبلش به مدت دو سال بر تن مهرداد میناوند بود حالا بر تن مطهری رفته بود که بسیاری در او یک هافبک تکنیکی و طراح آینده‌دار می‌دیدند. در روزی که علی کریمی اولین گل خود با پیراهن پرسپولیس را به ثمر رساند، از مطهری در نزد هواداران پرسپولیس در آزادی رونمایی شد. پرسپولیس هفته پنجم را در اصفهان به سپاهان باخت تا اوضاع این تیم با علی پروین نیز روبراه نشود.
مطهری در جدال با عزیز فریسات در اولین جدال تاریخ پرسپولیس و فولاد در لیگ آزادگان ۷۸-۷۷. اولین و آخرین باری که مطهری از ابتدا در ترکیب اصلی پرسپولیس در یک بازی رسمی به میدان رفت و پایه‌گذار تک گل پیروزی بخش تیمش شد
اما بازی هفته ششم مقابل فولاد روز ویژه‌ای هم برای حمید مطهری و هم برای پرسپولیس بود. شروع چهارده برد پیاپی از این بازی بود. علی پروین حمید مطهری را از ابتدا در ترکیب اصلی قرار داد تا این بازیکن برای اولین بار از ابتدا در ترکیب اصلی پرسپولیس قرار گیرد. پاس زیبا و خلاقانه‌ی مطهری به مهدی مهدوی‌کیا در فضای خالی و سانتر این بازیکن و ضربه سر بهنام سراج گل برتری پرسپولیس را در اولین جدال تاریخ این تیم مقابل فولاد خوزستان به همراه آورد. شاید آن روز مطهری فکرش را نمی‌کرد که این بازی اولین و آخرین حضورش در ترکیب اصلی پرسپولیس باشد. مطهری در مقابل ملوان نیز از ابتدای نیمه دوم به میدان رفت و پس از آن در بازی با پاس که به برتری چهار بر صفر پرسپولیس نیز همراه شد به عنوان بازیکن جایگزین به میدان رفت تا این آخرین بازی او برای پرسپولیس در لیگ باشد. پس از آن او نتوانست از پس مصدومیتی که یادگار همان بازی با فولاد بود برآید و بدین‌ترتیب او مجبور به خداحافظی از فوتبال شد.
بازی در ترکیب اولیه پرسپولیس مقابل فولاد در هفته ششم لیگ آزادگان ۷۸-۷۸. سومین بازی مطهری برای پرسپولیس در آن لیگ و اولین حضور ثابتش با پیراهن شماره ۲۵ و نیمکت‌نشین کردن حامد کاویانپور
چه بسا اگر آن مصدومیت عجیب به سراغ حمید مطهری نیامده بود او می‌توانست با توجه استعدادی که از خود نشان داده بود به پیراهن تیم ملی هم برسد.او قبلا و زمانی که در کشاورز بازی می‌کرد توسط محمد مایلی‌کهن به تیم ملی دعوت شده بود اما جایی در بین نفرات نهایی این مربی نداشت. اما هر چه بود او توانست به دلیل بازنشستگی زودهنگام زودتر از همدوره‌ای‌هایش پا در عرصه مربیگری بگذارد و این موضوع در کنار هوش فوتبالی و ممارستش در یادگیری علم روز فوتبال به کمکش آمده تا نقش مهمی در امور فنی پرسپولیس ایفا کند و احتمالا به زودی نیز ردای سرمربیگری در لیگ را به تن خواهد کرد.
ترکیب پرسپولیس در ابتدای نیمه دوم بازی با ملوان در هفته هشتم لیگ آزادگان ۷۸-۷۷ و مطهری که از ابتدای نیمه دوم وارد ترکیب پرسپولیس شده است. در روزی که نادر محمدخانی با یک ضربه آزاد گل برتری پرسپولیس را به ثمر رساند.
حمید مطهری در کنار مجتبی رضایی، علی مافی نژاد و علی کریمی در ترکیب تیم فوتسال پرسپولیس در بازی‌های جام رمضان سال ۷۷
