به گزارش "ورزش سه"، اولین مرتبه در لیگ شانزدهم بود که مجتبی حسینی پس از کنار رفتن یحیی گل‌محمدی که سرمربی ذوب آهن بود و تیمش نتایج خوبی کسب نمی‌کرد، به عنوان سرمربی در لیگ برتر کارش را آغاز کرد.
این مربی در اولین سال مربیگری توانست نتایج خوبی کسب کند و ذوب‌آهن در آن فصل بالاتر از سپاهان رتبه چهارم لیگ را کسب کرد و به رقابت‌های لیگ قهرمانان آسیا نیز راه پیدا کرد؛ با این حال سعید آذری که در آن مقطع مدیرعامل باشگاه اصفهانی بود، تصمیم به قطع همکاری با حسینی گرفت و امیرقلعه‌نویی را در لیگ هفدهم به عنوان سرمربی تیمش انتخاب کرد تا این مربی که نتایج خوبی کسب کرده بود، به ناچار مجبور به جدایی شود.
حسینی پس از جدایی از ذوب‌آهن بیشتر در مسابقات لیگ یک حضور داشت و در ابتدای لیگ بیستم بود که هدایت نفت مسجد سلیمان را در لیگ برتر پذیرفت و توانست با کسب 18 امتیاز در نیمه اول فصل این تیم را در رتبه دهم جدول رده بندی قرار بدهد.
در نیم فصل لیگ بیستم با تجربه‌تر با پیگیری شدید مدیران باشگاه به اصفهان بازگشت. سبزپوشان اصفهانی تا پایان نیم فصل اول مسابقات 11 امتیاز کسب کرده بودند و شرایط خوبی در جدول نداشتند؛ با این حال در نیم فصل دوم مجتبی حسینی موفق شد با این تیم 15 امتیاز کسب کند و اگرچه در سه بازی حساس انتهای فصل سه شکست در کارنامه سرمربی ذوب‌آهن و بازیکنانش ثبت شد، اما در مجموع نتایجی که در نیم فصل دوم رقم خورد، سبب شد تا ذوب‌آهن در رتبه چهاردهم باقی بماند تو این سایپا بود که با وجود کسب 17 امتیاز در نیمه اول فصل، با تصمیمات نادرست مدیریتی و تغییر سرمربی، در نیمه دوم مسابقات دچار بحران شد و درنهایت با شکست 5 بر 1 در هفته پایانی به دلیل تفاضل گل پایین‌تر نسبت به ذوب‌آهن برای اولین مرتبه به لیگ دسته اول رفت.
با وجود ماندن ذوب آهن اما مدیران این باشگاه که دوران سخت و پرچالشی را نجربه می‌کنند، تصمیم به برکناری حسینی گرفتند تا دومین حضور این مربی هم در تیمی که سابقه زیادی در آن دارد، بی نتیجه باشد. حالا مجتبی حسینی یکبار با کسب رتبه چهارمی از جمع سبزپوشان کنار گذاشته شده و یکبار هم با رتبه چهاردهمی که منجر به حفظ این تیم در مسابقات شده است. احتمالا این مربی پس از برکناری دوم به این موضوع فکر کرده که شاید جدا نشدن از نفت مسجدسلیمان در نیمه فصل می‌توانست برایش بهترین تصمیم باشد.
