به گزارش همشهری آنلاین به نقل از ورزش ۳ مولر در سال ۱۹۶۴ هنگامی که ۱۹ سال داشت به تیم بایرن مونیخ که در آن زمان در دسته دوم بازی می‌کرد پیوست. در سال ۱۹۶۵ مثلث بکن باوئر، سپ مایر و گرد مولر که بعدها بایرن را به تیم اول جهان تبدیل کرد، این تیم را به دسته اول بوندس لیگا هدایت کرد.
مولر به همراه بایرن ۴ قهرمانی آلمان، ۴ قهرمانی جام حذفی آلمان و ۳ قهرمانی اروپا را به دست آورد. او ۷ بار به عنوان گلزن برتر بوندس لیگا انتخاب شد. همچنین از فصل ۶۵–۱۹۶۴ تا فصل ۷۸–۱۹۷۷ همواره برترین گلزن بایرن مونیخ بود.
در فصل ۷۲–۷۱ برای این تیم ۴۰ گل زد که در تاریخ ۱۵ می ۲۰۲۱ رابرت لواندوفسکی به این رکورد رسید و آن را شکست. به این افتخارات باید قهرمانی در جام برندگان جام اروپا و جام باشگاه‌های جهان را افزود. همچنین در سال ۱۹۷۰ به عنوان اولین آلمانی جایزه بهترین بازیکن اروپا را به خود اختصاص داد.
