علی مطهری دخالت نمایندگان در تعیین استانداران را دارای تبعات منفی زیادی دانست و افزود: «از جمله تبعات منفی این امر، پاسخگو نبودن وزارت کشور و دولت درباره عملکرد و تخلفات احتمالی استانداران است. یعنی مجلس نمی‌تواند در این باره وزیر کشور را مورد سوال و تذکر یا استیضاح قرار دهد چرا که آنها انتخاب خود مجلسند و دیگر کسی به آنها جوابگو نخواهد بود.»
وی ادامه داد: «البته جای سوال و تعجب است که چرا وزیر کشور چنین حقی را از خود سلب کرده و آن را به مجلس بخشیده و چنین رویه‌ای را جاری و ساری کرده که یک بدعت ناهنجار و غیرقانونی درکشور است.»
نایب‌رییس مجلس دهم همچنین به بخشنامه زمان احمدی‌نژاد در این باره اشاره کرد و افزود: «آقای احمدی‌نژاد در زمان ریاست‌جمهوری خود، خطاب به وزیر کشورش بخشنامه‌ای را ابلاغ کرد که به هیچ وجه به نظر نمایندگان مجلس در انتخاب استانداران توجه نکند. بخشنامه‌ای که به نظرم درست بود و باید اکنون هم طبق همان بخشنامه عمل شود.»
مطهری به جهان صنعت گفت: «معنی ندارد نمایندگان، استانداران دولت را منصوب کنند. البته ممکن است در جایی نمایندگان به وزیر کشور پیشنهاد بدهند که فلان شخص مناسب استانداری است، یعنی صرفا پیشنهاد مطرح شود، نه اینکه گزینه مورد پیگیری قرار بگیرد. وزیر کشور هم بر اساس
بررسی های خود می‌تواند از آن شخص استفاده بکند یا نکند اما اجبار به هیچ وجه شایسته و قانونی نیست . »
