ابهام در نظارت و کنترل مستمر: فرآیند تایید صلاحیت و تمدید صلاحیت و نظارت روی شرکت‌های حقوقی از چالش‌های اصلی قانون مصوب سال ۱۳۷۴ است. کمبود ابزارهای قانونی برای نظارت مستمر بر شرکت‌های حقوقی عضو نظام مهندسی، بعضا برخی شرکت‌های حقوقی را به سمت امضا فروشی سوق داده است که این رویه روی کیفیت پروژههای ساختمانی تاثیر منفی بسیاری گذاشته است. نبود نظارت روی شرکت‌های حقوقی نه تنها کیفیت طراحی، نظارت و اجرای پروژههای ساختمانی را تحت الشعاع قرار داده است، بلکه روی شیوه همکاری مهندسان دارای پروانه نظام مهندسی این شرکت‌های حقوقی نیز تاثیر گذاشته به نحوی که اکثر این مهندسان دارای پروانه استخدام شده در این شرکت‌های حقوقی، فاقد قرارداد مناسب کاری هستند. همچنین این شرکت‌های حقوقی الزامی به بیمه کردن این مهندسان دارای پروانه که استخدام کرده‌اند، ندارند. این چالش بستر احتمالی برای به وجود آمدن فساد در این حوزه را به وجود آورده است.
ابهام در مسوولیت و حق امضای مهندسان: مسوولیت امضا در پروژههای کوچک ساختمانی با شخص امضا کننده اسناد است ولی مسوولیت امضای پروژههای بزرگ ساختمانی که در شرکت‌های حقوقی عضو نظام مهندسی انجام میپذیرد دارای ابهامات فراوانی است به نحوی که به عنوان مثال برای پروژههای بزرگ، تعداد زیادی مهندسان دارای پروانه باید برگه‌ها را تایید و امضا کنند این در حالی است که دقیقا معلوم نیست مسوولیت پروژه بر عهده کیست. به عنوان مثال برای پروژه‌ای که ۵۰ مهندس دارای پروانه نظام مهندسی زیر پروژه را امضا کرده‌اند، در صورت به وجود آمدن مساله‌ای در پروژه، آیا مسوولیت به نسبت باید تقسیم شود و هر مهندس ۲درصد از مساله را بر عهده گیرد یا همه ۵۰ مهندس باید به یک میزان مورد بازخواست و مواخذه قرار گیرند یا شرکت باید مسوولیت مساله به وجود آمده را بپذیرد !؟ طبق قانون هم شرکت حقوقی و هم همه اشخاص حقیقی دارای پروانه نظام مهندسی، باید قبول مسوولیت کنند ولی این چالش در شرایطی است که عقد قرارداد افراد در شرکت‌های عضو نظام مهندسی به صورت سالانه انجام میپذیرد و امکان دارد شخص حقیقی سال آینده با شرکت فوق قرارداد کاری خود را ادامه ندهد، مسوولیت پروژه در فرآیند زمانبر پروژههای بزرگ ساختمانی را در فضای پر ابهامی قرار می‌دهد.
دو نظام موازی: نظام فنی اجرایی کشور، زیرمجموعه سازمان برنامه و بودجه، نهادی است که برای شرکت‌های مهندسان مشاور در رسته‌های مختلف و شرکت‌های پیمانکار در رسته‌های مختلف برای انجام پروژههای عمرانی و دولتی صلاحیت صادر می‌کند. نظام فنی اجرایی دارای یک سامانه جامع به نام ساجات است. این سامانه با اتصال برخط به ده‌ها سامانه دیگر (مانند تامین اجتماعی، وزارت علوم، ثبت اسناد، ثبت احوال وزارت خارجه و... ) سوابق اشخاص امتیاز‌آور حقیقی و نیز سوابق شرکت حقوقی را دقیقا مورد بررسی و پایش قرار می‌دهد و بر این اساس صلاحیت صادر یا تمدید می‌شود. با توجه به وجود این سامانه دقیق که هزینه‌های زیادی برای به وجود آمدن و تکامل و بلوغ آن در ۱۵-۱۰ سال اخیر انجام شده است، احداث یک سامانه موازی دیگر که همان موارد را برای اعطای صلاحیت شرکت‌های حقوقی نظام مهندسی بررسی کنند، منطقی به نظر نمی‌رسد. فرآیند تایید یا تمدید صلاحیت فعلی شرکت‌های حقوقی نظام مهندسی، به روش غیر‌الکترونیکی و بدون اتصال به سایر سامانه‌های بر خط، دارای ایرادات اساسی است که بررسی صلاحیت‌های شرکت‌های حقوقی را سخت و زمانبر می‌کند و احتمال ایجاد فساد اداری در این بوروکراسی اداری را افزایش می‌دهد.
از دیگر چالش‌های قانون فعلی، عدم‌به کارگیری ظرفیت مهندسان مشاور دارای صلاحیت از نظام فنی اجرایی کشور است. شرکت‌های دارای صلاحیتی که بسیاری از آنها سابقه فعالیت چند دهه حضور در پروژههای عمرانی و بزرگ کشور را داشته‌اند، عملا در قانون نظام مهندسی فعلی کاملا نادیده گرفته شده‌اند و در واقع این شرکت‌ها صلاحیت طراحی یا نظارت پروژههای غیر‌عمرانی (پروژههای با بودجه شخصی یا پروژههای داخل محدوده‌های شهر) را ندارند.
تناقض این موضوع وقتی بیشتر آشکار می‌شود که کارفرمای دولتی برای طرحهای عمرانی (پروژههای تامین مالی شده از بودجه دولتی) در داخل محدوده شهرها طبق قوانین کشور، مجبور هستند هزینه طراحی و نظارت هر دو ساختار (نظام فنی اجرایی و نظام مهندسی) را پرداخت کنند. به این معنی که اول باید با فرآیند مناقصه مهندسان مشاور دارای صلاحیت نظام فنی اجرایی را انتخاب کنند و بعد از انتخاب عقد قرارداد، نقشه‌های طرح را تهیه و تصویب کنند در مرحله بعد مجددا هزینه‌ای به سازمان نظام مهندسی ساختمان پرداخت کنند که نقشه‌هایی که قبلا توسط شرکت مهندسان مشاور تهیه شده است، فقط مهر و امضا شود! این فرآیند دارای تناقض همچنین در بحث نظارت روی طرحهای عمرانی داخل شهر (طرحهای تامین مالی شده از بودجه دولت) و پرداخت‌های چندگانه، تکرار می‌شود.
بی‌‌‌توجهی به شهر: با وجود اینکه در قسمت‌های مختلفی از قانون نظام مهندسی ساختمان از طرحهای توسعه شهری یادشده است، ولی طرحهای توسعه شهری چه در قانون نظام مهندسی و چه در سایر قوانین مصوب مجلس، جایگاه مناسبی و تعریف شده‌ای ندارند. این جایگاه متزلزل شهرسازی باعث دست درازی بسیاری از صاحبان قدرت و ثروت در محدوده شهرها و حقوق شهروندان شهر شده است. این موارد، تنها بخش کوچکی از ساختار نیازمند به بازنگری سازمان نظام مهندسی است. البته باید در نظر داشت هر تغییری در هر یک از بخش‌های ذکر شده قانون نظام مهندسی، مخالفت‌های زیادی از سمت ذی‌نفعان موضوع در پی خواهد داشت ولی قطعا تصمیم نهایی باید به نحوی باشد که بهترین نتیجه را برای شهروندان، مهندسان دارای پروانه نظام مهندسی، مهندسان مشاور دارای صلاحیت نظام فنی اجرایی، سرمایه‌گذاران پروژههای بزرگ، کارفرمایان دولتی و سایر عوامل زنجیره صنعت ساختمان در پی داشته باشد.
