در درون این معماری زیبا و آجری قبرهایی وجود دارد که مشهورترین آن به «میرعبدالفتاح موسوی» از علمای بزرگ مراغه متعلق است و در حقیقت این بنا در اواخر سده ۱۲ هجری قمری به فرمان «ضل‌السلطان» به دلیل محبت و اردات وی به «میرفتاح» احداث شد.
در این بنای تاریخی می‌توان سنگ قبرهای مرمری ارزشمند و نیز سنگ قبرهای دیگر مربوط به قرون هفتم و هشتم هجری قمری را مشاهده کرد و سنگ‌نوشته‌ها و قوچ‌های سنگی از دیگر آثار این موزه هستند اما یکی از سنگ‌های موجود در این موزه با عنوان سنگ «بسم‌الله» بیش از بقیه جلب توجه می‌کند؛ سنگی که واژه مبارک «بسم‌الله» روی آن حک شده است و در سردرب موزه قرار دارد و برای ورود به داخل موزه باید از زیر آن سنگ عبور کرد.
موزه سنگ‌نگاره‌های مراغه در ۶ شهریور سال ۱۳۸۱ افتتاح شد و برای بازدیدکنندگان و گردشگران جذابیتی منحصربه فرد دارد.
