به گزارش "ورزش سه"، این بازیکن در هفته های ابتدایی یکی از بازیکنانی بود که در ترکیب تیم آبی به میدان می رفت اما اشتباهات او در برخی از بازی ها موجب جبهه گیری تماشاگران استقلال شد؛ تا جایی که فرشید باقری در مصاحبه ای از محمود فکری و باشگاه استقلال خواهش کرد به او اجازه دهند اردوی تیم آبی را ترک کند. طبیعی بود محمود فکری با این تصمیم مخالفت کند به این خاطر که پنجره نقل و انتقالات بسته شده بود و این تصمیم نه سودی برای تیم آبی داشت و نه فرشید باقری و در هر صورت این بازیکن باید تا تعطیلات زمستانی صبر می کرد تا پنجره باز شود. از سویی سرمربی استقلال بر این عقیده بود که در شرایط بحرانی باید حامی بازیکنش باشد و اگر بازیکنی را به خاطر یک اشتباه کنار بگذارد دیگر بازیکنان با اطمینان خاطر به میدان نمی روند. در نهایت قرار شد فرشید باقری بماند و در تیم آبی به کار ادامه دهد.
اما رفتارهای فرشید باقری بعد از تصمیم محمود فکری این مربی را آزرده خاطر کرده است؛ هر چند سرمربی استقلال تلاش کرد تا جایی که ممکن است ذهن این بازیکن را ریکاور کند و او را دوباره به ترکیب تیم آبی برگرداند.
حضور بی انگیزه فرشید باقری در تمرینات و گاها اعتراضات او به شرایط موجود موجب شد در نهایت محمود فکری تصمیم بگیرد مانع از حضور این بازیکن در تمرین تیم آبی شود. به نظر می رسد فرشید باقری و استقلال به خط پایان رسیده اند ودر تعطیلات زمستانی شاهد جدایی این بازیکن از اردوی تیم آبی خواهیم بود.
این بازیکن بعد از اعتراضات تماشاگران تیم آبی تصمیم به ترک اردوی تیم آبی گرفته بود و تلاش های محمود فکری برای بازگرداندن او ره به جایی نبرد. در چنین شرایطی می توانیم فرشید باقری را اولین جدا شده تیم استقلال در تعطیلات زمستانی بدانیم. هر چند پیش از فرشید باقری میلیچ هم از اردوی تیم آبی جدا شد و با توجه به اینکه تهران را ترک کرده بعید است بار دیگر به اردوی تیم آبی برگردد.