تعارض منافع که یکی از روزنه‌های اصلی بروز فساد در دستگاه‌های دولتی است در وزارت آموزش و پرورش از آن جهت اهمیت افزون‌تری پیدا می‌کند که سرنوشت ۱۵ میلیون کودک و نوجوان این سرزمین تحت‌الشعاع این موضوع قرار دارد.
شاید بارزترین بروز بیرونی تعارض منافع در وزارت آموزش و پرورش، مدرسه‌داری مسئولان این وزارتخانه باشد؛ صاحبان مدارس غیردولتی که در جایگاه تصمیم‌گیری برای کیفیت مدارس دولتی هم قرار دارند! و حتی برخی کارشناسان بر این باورند بی‌توجهی عجیب این روزهای مسئولان به مدارس دولتی عادی ریشه در همین مدرسه‌داری و تعارض منافعی دارد که درگیر آن هستند.
برخی منتقدان معتقدند؛ مسئولان مدرسه‌دار از توجیه‌کنندگان بی‌عدالتی آموزشی، بی‌توجهی به مدارس دولتی و گسترش مدارس خصوصی در کشور هستند.
با این وجود تعارض منافع در وزارت آموزش و پرورش فقط محدود به مدرسه‌داری مسئولان آن نمی‌شود و بخش‌های مختلف از تدریس خصوصی و بازاریابی کتاب‌های کمک آموزشی تا ساخت و ساز مدارس را در برمی‌گیرد.
