پس از وقوع انقلاب فرهنگی و همزمان با آغاز دوران جنگ در آبان ماه سال 1359 به سپاه پیوست. سلامی در طول دوران جنگ در کردستان و عمدتاً در جبهه جنوب در مسئولیت‌های رزمی و مختلف در لشکرهای 25 کربلا، 14 امام حسین و قرارگاه دریایی نوح حضور داشته‌است.
وی پس از پایان جنگ دوره دانشکده فرماندهی و ستاد را گذراند و فارغ‌التحصیل کارشناسی ارشد مدیریت دفاعی از دانشگاه آزاد اسلامی گردید.
فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی همزمان با تدریس در دانشکده فرماندهی و ستاد سپاه، ازدانشگاه علم و صنعت نیز فارغ‌التحصیل شد. وی همچنین مؤسس و فرمانده دوره عالی جنگ از سال 1371 تا 1376 بوده و از سال 1376 الی 1384 در سمت معاون عملیات ستاد مشترک سپاه اشتغال به خدمت داشته‌است.
او دراول اردیبهشت 1398 از طرف رهبر جمهوری اسلامی ایران از رده جانشینی فرمانده سپاه پاسداران انقلاب اسلامی با یک درجه ارتقا به رتبه سرلشکری به سمت فرماندهی کل سپاه پاسداران منصوب شد.
به گفته حمیدرضا مقدم‌فر معاون اسبق فرهنگی سپاه پاسداران، سلامی دانشمندی برجسته با تحصیلات عالی فنی و نظامی، مسلط به معارف دینی، دارای حسن خلق و ایثارگری و حافظ کل قرآن است. سردار حسن تهرانی مقدم پدر صنعت موشکی ایران، سلامی را انسانی استثنائی و از ذخایر انقلاب ایران خوانده بود.
سردار حسین سلامی در جنگ ایران و عراق و کردستان و عمدتاً در جبهه جنوب عهده‌دار مسئولیت‌های رزمی و فرماندهی مختلف در کنار رزمندگان بوده‌است. از جمله مسئولیت‌های سردار به قرار زیر می‌باشد:
• مسئول عملیات قرارگاه دریایی نوح در جنگ ایران و عراق
• فرمانده دانشکده دافوس از سال 1371 تا 1376
• معاون عملیات ستاد مشترک سپاه از سال 1376 تا 1384
• فرماندهی نیروی هوایی سپاه پاسداران از سال 1384 تا 12 مهرماه 1388
• عضو کنونی هیئت علمی دانشگاه عالی دفاع ملی
• جانشین فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب سلامی از سال 1388 تا 1398
• سرپرست معاونت هماهنگ‌کننده سپاه پاسداران انقلاب اسلامی از تیر تا شهریور 1397
• فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی از اردیبهشت 1398
