به گزارش ایرنا، وی در سال ۱۹۵۱ در شهر المعادی در نزدیکی قاهره زاده شد. نام کامل او ایمن محمد ربیع مصطفی عبدالکریم الظواهری است او از یک خانواده معروف است که در روستای کفر الشیخ الظواهری در شهر ههیا در استان «الشرقیه» واقع در شمال مصر اقامت گزیدند. پدر ایمن الظواهری دکتر محمد ربیع الظواهری، استاد داروسازی در دانشکده پزشکی ، دانشگاه عین شمس بود که در سال ۱۹۹۵ درگذشت.
برادر او محمد محمد ربیح الظواهری ملقب به ابو ایمن المصری است و از رهبران القاعده است. برادر کوچکتر او حسین الظواهری ، مهندس برنامه ریزی است. او همچنین خواهری دارد به نام هبه الظواهری که استاد انکولوژی در انستیتوی ملی سرطان در دانشگاه قاهره است.
پدربزرگ مادری او، عبدالوهاب عزام ، یکی از مشهورترین نویسندگان و ادیبان مصر است ، او استاد ادبیات دانشگاه «الشرقیه»، رئیس دانشکده هنر دانشگاه قاهره و عضو آکادمی زبان عربی در قاهره بود.
ایمن الظواهری که یک پزشک بود، در اواخر دهه شصت میلادی قبل از پیوستن به دانشکده پزشکی که در سال ۱۹۷۵ از آن فارغ التحصیل شد، به سازمان الجهاد پیوست. او گفت برخلاف آنچه در برخی رسانه‌ها گزارش شد به اخوان المسلمین نپیوست، اما در گروهی بود که آمیزه‌ای از اندیشه‌های سلفی و جهادی را داشتند.
ایمن الظواهری در سال ۱۹۸۱ به اتهام انبار اسلحه غیرقانونی در مصر بازداشت و به سه سال زندان محکوم و در سال ۱۹۸۵ از زندان آزاد شد.در نیمه دوم دهه هشتاد به افغانستان رفت از همانجا با بن لادن آشنا شده و به القاعده پیوست.
او پیش از کشته شدن بن لادن، به عنوان نفر دوم شبکه القاعده بوده و گفته می شود در جریان بمب گذاری‌های ۷ اوت ۱۹۹۸ در سفارتخانه‌های آمریکا در دارالسلام (تانزانیا) و نایروبی (کنیا)، حمله به کشتی جنگی یواس‌اس کول، حملهٔ ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ به مرکز تجارت جهانی و پنتاگون نقش موثر داشته و تحت تعقیب بین‌المللی قرار داشت.
ایمن الظواهری مطابق قطعنامه ۱۲۶۷ شورای امنیت سازمان ملل به دلیل آنچه که عضویت مؤثر گروه القاعده نامیده شد، در فهرست سیاه و تحریم شده بود.
همچنین وزارت امور خارجه آمریکا ۲۵ میلیون دلار جایزه نقدی را برای اطلاعاتی که به دستگیری یا کشته شدن او منجر شود، اختصاص داده بود.
