مهدی علی‌نقی‌پور، منتقد سینما در برنامه «بوطیقا» رادیو فرهنگ درباره نقاط قوت فیلم مختارنامه گفت: فیلم‌نامه مختارنامه در دسته فیلم‌های تاریخی و پرطرفدار عرصه تلویزیون قرار می‌گیرد. آقای میرباقری با انتخاب یک شخصیت شناخته شده نزد ما شیعیان، انتخاب درستی کرده است. یکی از هوشمندی‌های فیلم‌نامه‌نویس این است که شخصیتی را انتخاب کند تا بتواند روی وجوه مختلف شخصیت، سرگذشت و اوج و فرود دراماتیک آن مانور دهد.
این منتقد سینما گفت: مختار این ظرفیت را داشت؛ بنابراین فارغ از کیفیت ساخت و نگارش فیلم‌نامه، خود شخصیت مختار یکی از عوامل جذب مخاطب بوده و هست. همچنین، انتخاب مقطع تاریخی در فیلم مختار از اصلی‌ترین و قدرتمند‌ترین وجه کار آقای میرباقری است. ایشان این شخصیت را بر مبنای تحقیقات خود روایت کرده و بخش‌هایی که سند تاریخی دربارش وجود نداشته یا روایت‌های متناقضی بوده، در جهت داستان گزینش و تخیل را به کار برده است.
علی‌نقی‌پور با بیان اینکه بخش‌هایی از داستان به ماجرای کربلا ارجاع داده می‌شود، ادامه داد: آقای میرباقری در مصاحبه گفته بود که در فیلم‌نامه اولیه فقط سیر شخصیت مختار بوده و قرار نبوده به ماجرای کربلا و روز عاشورا اشاره شود. در مسیر ساخت سریال آقای ضرغامی، رئیس وقت صداوسیما پیشنهاد می‌دهد که بهتر است که ماجرای کربلا هم روایت شود. آقای میرباقری هم این سریال را متوقف کرد و متن کربلا به داستان اضافه شد؛ بنابراین با وجود اینکه فیلم‌نامه ساخته و آماده پخش بود، آقای میرباقری با توانمندی خود بخشی را به این متن اضافه می‌کند که پراکندگی در ساختار فیلم به چشم نمی‌آید.
