هم‌‌اکنون در همه کلان‌شهرها به جز تهران، کمیسیون‌‌های ماده۵ زیر مجموعه وزارت کشور بوده و رئیس آنها استاندار است. این در حالی است که در شهر تهران، تاکنون روال متفاوتی وجود داشته است. در شهر تهران بر خلاف سایر شهرها، دبیرخانه کمیسیون ماده۵ در شهرداری مستقر بوده وریاست آن نیز بر عهده شهردار است. حال با مصوبه‌‌ای که به تازگی تصویب شده، قرار است کمیسیون ماده۵ در سایر کلان‌شهرها نیز عملا به‌عنوان زیرمجموعه شهرداری‌‌ها، فعالیت کند. براساس طرحی که به تازگی تصویب شده است، علاوه بر تهران، سایر کلان‌شهرها نیز صاحب دبیرخانه کمیسیون ماده۵ در شهرداری‌‌ها خواهند شد. با این مصوبه، همانند تهران، دبیرخانه کمیسیون ماده۵ در شهرداری کلان‌شهرها تشکیل خواهد شد و شهردار به‌عنوان رئیس دبیرخانه منصوب می‌‌شود. بررسی تجارب گذشته تاکنون در این زمینه نشان می‌‌دهد این اقدام در واقع به منزله صدور حکم شلیک به طرح تفصیلی در کلان‌شهرهاست. کمیسیون ماده۵ در واقع کمیسیونی است که می‌‌تواند روی ضوابط طرح تفصیلی شهرها به‌طور مستقیم اعمال نظر کند و آن را در موارد خاص تغییر دهد. ازآنجاکه درآمد شهرداری‌‌ها به میزان زیادی به عوارض ناشی از تغییر کاربری‌‌ها، ساخت‌وسازها، تخلفات و... وابسته است، تشکیل دبیرخانه کمیسیون ماده۵ در زیر مجموعه شهرداری به منزله تشدید تعارض منافع در این زمینه است. به این معنا که به‌دلیل وابستگی درآمد شهرداری به درآمدهای ناشی از ساخت‌وساز و عوارض ساختمانی و همچنین تغییر کاربری‌‌ها، مدیریت شهری در این زمینه ذی‌نفع است و بنابراین تعیین شهردار به‌عنوان رئیس کمیسیون ماده۵، منجر به ایجاد تعارض منافع در شهر می‌‌شود. در واقع با این اقدام زمینه دور زدن ضوابط و دخل و تصرف در مقررات طرح‌های تفصیلی به نفع افزایش درآمد شهرداری‌‌ها فراهم می‌‌شود و بیراهه‌ای که پیش از این در موارد متعدد در تهران مشاهده شده بود در سایر کلان‌شهرها نیز تکرار خواهد شد. این در حالی است که اقدام درست، مسدود‌سازی مسیری است که منجر به دور زدن ضوابط طرح تفصیلی در قالب مصوبات کمیسیون ماده۵، در پایتخت می‌‌شود.
