شجاع خلیل‌زاده اولین بار زمان سرمربیگری کارلوس کیروش به تیم ملی دعوت شد و در چند بازی مقدماتی جام جهانی ۲۰۱۴ برزیل هم حضور داشت. در آستانه جام جهانی اما کیروش شجاع را خط زد تا شاهد اعتراض شدید و مصاحبه تند خلیل‌زاده علیه کارلوس کیروش باشیم.
مربی پرتغالی نه تنها شجاع را به جام جهانی و بعد از آن به جام ملت‌های آسیا در سال ۲۰۱۵ نبرد، بلکه در بهترین سال‌های فوتبالی خلیل‌زاده هم او را به تیم ملی دعوت نکرد. شجاع بعد از آمدن به پرسپولیس بهترین نمایش‌ها را ارائه کرد ولی باز هم جایی در لیست کیروش نداشت تا چند سالی پشت خط بماند. شجاع در این سال‌ها در اکثر مصاحبه‌هایش به کیروش کنایه می‌زد و از هر فرصتی برای انتقاد از او استفاده می‌کرد. حتی در جریان درگیری‌های شدید برانکو و کیروش، شجاع طرف برانکو بود و علیه کیروش موضع می‌گرفت.
بعد از جدایی کیروش، شجاع در زمان ویلموتس هم به تیم ملی دعوت نمی‌شد ولی با آمدن اسکوچیچ، خلیل‌زاده نه تنها به تیم ملی بازگشت، بلکه در یک بازی بازوبند کاپیتانی تیم ملی را به بازو بست. شجاع در کنار کنعانی زادگان به مهره‌های دفاعی ثابت تیم ملی تبدیل شدند و انصافا هم عملکرد بسیار خوبی داشتند.
خلیل‌زاده و کنعانی زادگان به واسطه چند سال بازی در پرسپولیس، تیم ملی و هم اکنون در الاهلی، خیلی با هم هماهنگ هستند و خیلی‌ها معتقدند، این دو باید در کنار هم در جام جهانی فیکس بازی کنند و تیم ملی باید از هماهنگی این دو بازیکن نهایت استفاده را ببرد. بعد از جدایی اسکوچیچ و بازگشت کیروش، خیلی‌ها فکر می‌کردند شجاع جایی در لیست کیروش نخواهد داشت و رنگ جام جهانی را نخواهد دید.
بعد از آمدن کی روش گمانه زنی در خصوص آینده شجاع در تیم ملی زیاد شد و بعضی‌ها به جد معتقد بودند، با توجه به مصاحبه‌های خلیل‌زاده علیه کیروش و حمایت‌های او از اسکوچیچ، شجاع دیگر به تیم ملی دعوت نمی‌شود. پیش بینی و تحلیل هایی که همه غلط از آب درآمد.
نکته جالب اما به ارتباط کی روش و شجاع بعد از حضور مجدد مربی پرتغالی روی نیمکت تیم ملی برمی گردد. کارلوس و شجاع این روزها ارتباط بسیار صمیمانه ای با یکدیگر دارند و خلیل‌زاده هم مثل همیشه با همان روحیه شوخ طبع خودش با کیروش شوخی می کند. اتفاقی که نشان می دهد کدورت های گذشته جای خودش را به احترام و دوستی داده و این موضوع قطعا به تیم ملی هم در جام جهانی کمک خواهد کرد.
