مراسم قرعه‌کشی مرحله دوم جام حذفی با حضور سهیل مهدی مدیر مسابقات، امیرحسین روشنک مسئول جام حذفی، مهرداد شفیعی مسئول لیگ دو، امیرحسین فراهانی مسئول لیگ سه و احسان خداوردی، به‌صورت وبینار و غیر حضوری برگزار شد.
مسابقات این مرحله با حضور 11 تیم صعود کرده از لیگ استانی و 17 تیم لیگ دسته دومی برگزار می‌شود که تیم‌ها حریفان خود را به قید قرعه شناختند. نام تیم‌های میزبان اول آمده است:
شاهین بندرعامری- نیروی زمینی تهران
اتحاد کامیاران - سرخپوشان ساری
شهید قندی یزد- پادما یدک اصفهان
عقاب تهران – شهرداری ماهشهر
استقلال راوه دلیجان – شهرداری برداسکن
اسپاد تهران – میلاد مهر تهران
پاس همدان – میعاد پارس آباد مغان
سردار بوکان - هلال احمر گراش
فولاد نوین اهواز – مس شهربابک
شهرداری بم- ستارگان آژند آذربایجان شرقی
سوهان محمد قم- داماش پارسه تهران
مس نوین کرمان – شمس آذر قزوین
ویستا توربین – برنده فولاد هرمزگان و شهرداری بندر انزلی
شهدای بابلسر - برنده شهرداری اندیمشک و پیام خراسان جنوبی
مسابقات مرحله دوم در روزهای 18 و 19 بهمن 1399 برگزار می‌شود. مرحله سوم مسابقات با حضور تیم‌های لیگ یک و تیم‌های صعود کرده از این مرحله در روزهای 6 و 7 اسفند برگزار خواهد شد.
مرحله چهارم در روزهای 20 و 21 اسفند با حضور تیم‌های لیگ برتری برگزار می‌شود.
