در طول مراحل پخت،بايد مواد غذايي چند بار به هم زده شوند تا گرما به خوبي و به مقدار کافي به تمام نقاط غذا برسد، به اين ترتيب علاوه بر پخت مناسب، احتمال آلودگي ميکروبي نيز به حداقل مي‌رسد.
البته پخت غذا (به هر روشي هم که باشد)، هميشه نمي‌تواند خطرات ناشي از آلودگي‌هاي ميکروبي را به کلي رفع کند. از آنجا که قدرت گرم کنندگي اجاق مايکروويو در سطح غذا بيشتر است، بهتر است قطعات کوچک‌تر در مرکز ظرف و قطعات بزرگ تر مواد غذايي در کناره ظرف قرار گيرند تا حرارت مناسب به قطعات بزرگ‌تر برسد. چنانچه امکان هم‌زدن غذا وجود ندارد (و در کل در همه موارد)، بهتر است پس از پايان پخت، تا مدتي ظرف دست‌نخورده باقي بماند تا حرارت به‌خوبي در تمام نقاط غذا منتشر شود.
بهتر است درب ظرف، در مراحل پخت روي ظرف باشد تا مقداري بخار در ظرف جمع شده و به پخت مناسب غذا کمک کند؛ ولي در ظرف بايد به‌صورتي قرار گيرد که خروج مقداري بخار امکانپذير باشد.
