علی فاطمی با اشاره به مشکلات اجرای طرح نسخه الکترونیک گفت: «این در حالی است که سازمان بیمه تامین اجتماعی هزینه نسخه‌های کاغذی را به داروخانه‌ها با تاخیر بیشتری نسبت به نسخه‌های الکترونیک می‌پردازد و این اقدام فشار زیادی را به داروخانه‌ها و حتی بیماران تحمیل خواهد کرد.» فاطمی افزود: «در حال حاضر همه نسخه‌هایی که از سازمان بیمه سلامت به داروخانه‌ها می‌آید، الکترونیکی هستند، اما در مورد بیمه تامین اجتماعی این‌گونه نیست. حدود ۷۰ درصد نسخه‌های سازمان تامین اجتماعی، الکترونیکی و ۳۰ درصد بقیه کاغذی هستند.» وی وضعیت زیرساخت‌های ارتباطی و پشتیبانی را نیز از دیگر چالش‌های طرح نسخه‌نویسی الکترونیکی دانست و بیان کرد: کُندی و قطعی اینترنت باعث معطلی و نارضایتی بیماران در داخل داروخانه‌ها شده است. وی اظهار کرد: «بر اساس قانون بودجه، برای پزشکان و ارائه‌دهندگان خدمتی که نسخه الکترونیکی بنویسند، از ۸۸۰۰ تومان تا ۱۸هزار تومان تعرفه تشویقی در نظر گرفته شده، اما هیچ مبلغی برای جبران خسارت داروخانه پیش‌بینی نشده است.» وی ادامه داد: «ضمن اینکه تعرفه تشویقی برای ارائه‌دهندگان خدمات سلامت که در قانون بودجه در نظر گرفته شده، فقط برای پزشکان اجرا می‌شود و برای داروخانه‌ها دیده نشده و متاسفانه برخی داروخانه‌ها حتی تنبیه هم می‌شوند.»
نایب رئیس انجمن داروسازان کشور با بیان اینکه ۳۶۶ قلم دارو به لیست داروهای تحت پوشش بیمه اضافه شده است، گفت: «باید توجه کرد که بیمه‌های مکمل درمانی هنوز با نسخه الکترونیک هماهنگ نشدند و کار را به شکل سنتی انجام می‌دهند.»
