دوران دفاع مقدس در یکی از جزایر جنوبی حفاظت شده کشور یک سایت موشکی راه‌اندازی شده بود که سازمان‌های مربوطه نسبت به تخریب محیط زیست خدمت حضرت آیت‌الله خامنه‌ای ابراز نگرانی کردند و ایشان نامه‌ای به فرمانده وقت سپاه نوشتند که سند بسیار محکمی در تبیین رویکرد رهبر معظم انقلاب به مقوله محیط زیست است.
علی سلاجقه رییس سازمان حفاظت از محیط زیست با اعلام این مطلب یادآورشد: حضرت آیت الله خامنه‌ای در شرایط جنگ که اضطرار ایجاب می‌کند حتی خانه‌های ما پایگاه قرار گیرد، در آن نامه خطاب به سردار محسن رضایی نوشتند «جناب آقای رضایی، هرچه‌سریع‌تر نسبت به تخلیه منطقه حفاظت شده [مذکور] اقدام شود و در اختیار دستگاه‌های مربوطه قرار گیرد» که هیچ‌جا نمی‌توان چنین حکمی را، آن هم در زمان جنگ دید.
