سرویس سیاست مشرق - مقام معظم رهبری پیش از پیروزی انقلاب اسلامی، به سبب فعالیت‌های مبارزاتی گسترده و مستمر علیه رژیم ستمشاهی پهلوی، همواره مورد توجه دستگاه‌های پلیسی- امنیتی شهربانی و ساواک بود تا آنجا که برای مدتی در زندان کمیته مشترک ضدخرابکاری رژیم پهلوی محبوس بود و برای دوره‌ای نیز به ایرانشهر تبعید شد. اما اقدامات ارعاب‌آمیز و کنترلی ساواک باعث نشد تا ایشان از فعالیت‌های انقلابی و روشنگری دست بردارد؛ حتی در این مسیر ابتکارات و خلاقیت‌هایی از خود نشان دادند که در اسناد ثبت شده است.
چنانکه در گزارش شهربانی خراسان مربوط به سال ۱۳۵۴، عنوان میشود: «آقای سید علی خامنه‌ای امام جماعت سابق مسجد کرامت (واقع در چهارراه نادری) بعلت تبلیغات علیه حکومت وقت و پشتیبانی از آیت‌الله خمینی چندین ماه به زندان رفت و اخیراً از زندان آزاد شد. او کتاب‌هایی که اخیر نوشته و یا می‌نویسد بنام "سید علی حسینی" چاپ و منتشر می‌کند برای این که او را نشناسند چونکه او به سید علی خامنه‌ای معروف است نه سید علی حسینی. از جمله کتابی بنام "طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن" همین کار را کرد و در تهران هم چاپ کرد».
