پرسپولیس مثل استقلال پرونده های زیادی داشت که تقریبا همه آنها را بست. بعضی از این پرونده ها داخلی بود و البته برخی دیگر خارجی. جالب این که دو دستیار برانکو هم از پرسپولیس به فیفا شکایت کرده بودند که شکایت آنها به جایی نرسید.دستیاران مربی کروات مدعی بودند که مطالباتی دارند ولی فیفا به سود پرسپولیس رای داد. در یک مورد دیگر هم باشگاه پرسپولیس برنده شد و حالا می توان ادعا کرد که بعد از ماهها شرایط باشگاه به لحاظ شکایت های خارجی و حتی داخلی خوب و نرمال است.
پرسپولیس مدارک خود را به موقع بارگذاری کرد و آنها فقط کمی نگران بحث مالکیت مشترک و ورزشگاه محل برگزاری مسابقات خود در لیگ قهرمانان آسیا بودند که مورد اول هم طبق گفته وزیر ورزش حل و فصل شد و پرسپولیس زیر نظر وزارت ورزش ماند و استقلال زیر نظر وزارت اقتصاد رفت. ورزشگاه آزادی هم که در حال بازسازی است و احتمالا تا شروع مسابقات آسیایی مشکلاتش خیلی کمتر می شود.
