سربازان اسکندر حتی به مقبره کوروش هم رحم نکردند و اشیا ارزشمند داخل مقبره کوروش ، لوح‌ها و کتیبه‌ها را به سرقت بردند و آسیب‌های زیادی به بنا وارد کردند.
اسکندر بعد از حمله به تخت جمشید یا پرسپولیس و به آتش‌کشیدن آن، در میانه راه تصرفات خود راهی پاسارگاد شد و متاسفانه کاخ‌های پاسارگاد نیز سرنوشتی مشابه را تجربه کردند.
هرچند اسکندر از روی سیاست و نشان‌دادن خود به عنوان جانشین مشروع پادشاهان هخامنشی دستور مرمت و بازسازی آن را داد و مسببان آن را مجازات کرد اما آسیب‌های وارده، به سایر آثار باعث نابودی آن‌ها شد
