حکومت ایران کم و بیش اعمال قدرت خودسرانه از ناحیه عناصری است که بنا بر سلسله‌مراتب، شامل شهریار تا کدخدای یک ده حقیر می‌شود. پس یگانه اصل مانع که در مقابل رفتار طبقات رسمی پایین‌تر قرار گرفته است، ترس از مقام بالاتر است. مقامات بالاتر هم از شخص پادشاه بیمناکند و خود پادشاه نیز دچار بیم و نگرانی است؛ اما نه از ناحیه اتباع خویش، بلکه از انتقادات خصومت‌آمیز جراید اروپایی.»
شاه و کارگزارانش بر اساس الگوی تثبیت‌شده‌ای که در طول سال‌های دراز در ناصیه حاکم و رعیت رسوخ و رسوب کرده بود، هر گونه تلاش برای گسترش حقوق فردی و سیاسی را سرکوب می‌کردند. اتباع ملک، از داشتن حقوق ابتدایی محروم بودند و رعیت بی پناه، جز با بست‌نشینی نمی‌توانست از برخی تعرضات مصون‌مانده، امکان تظلم خواهی داشته باشد.
میزان خشونت قاجاریه در برخورد با مخالفان، منورالفکرها و مصلحان اجتماعی بهت‌آور و باورنکردنی بود. «ناظم‌الاسلام کرمانی» با بیان یکی از موارد متعدد چنین برخوردهایی می‌نویسد: «در چند سال قبل به ناصرالدین‌شاه راپورت دادند که شب‌ها جمعی در محله سنگلج، در یک خانه اجتماع کرده و در امر مملکت و اصلاح آن مذاکره می‌کنند. پادشاه جمعی را فرستاد، شش، هفت نفر از اصلاح خواهان را که دور هم نشسته بودند مأخوذ و شبانه آنها را به حضور پادشاه بردند. چاهی در اندرون حفر کرده بودند که برف در آن می‌ریختند یا برای همین‌جور کارها مهیا بود. سنگ سر آن را برداشته، ماخوذان را در آن چاه انداختند، آن وقت خود پادشاه تفنگ را به دست گرفته، متجاوز از سی‌فشنگ از پی آن فرستاد که... زودتر آنان را به اسفل‌السافلین برساند و حاضران را هر کدام یک اشرفی جایزه داد.»
آزار و شکنجه زندانیان به‌وسیله بازجویانی که «نسقچی» نامیده می‌شدند، امری پذیرفته‌شده و رایج بود. بدیهی است که اوضاع آدم‌هایی که به دلایل سیاسی گرفتار می‌شدند به مراتب ناگوارتر بود. به‌عنوان مثال انگشتان کسانی را که مظنون به نوشتن و پخش اعلامیه‌های اعتراضی بودند، چنان می‌کوبیدند که استخوان آن به‌طور کامل نرم شود. بسیاری از متهمان جرایم سیاسی و امنیتی در معرض کور شدن قرار داشتند. این مجازات که ریشه در نظام کیفری پیش از اسلام داشت؛ کمافی‌السابق درباره بسیاری از شاهزادگان، مدعیان تاج و تخت و متنفذان روزگار قاجاریه اجرا می‌شد. در این احوالات همیشه تعدادی نگون بخت بی‌گناه، به اتهامات واهی و با طرح بهانه‌هایی مضحک طعمه زندان، شکنجه و مصادره می‌شدند. ریشه بسیاری از این تندروی‌ها در منفعت‌طلبی مالی و تلکه کردن ثروتمندان نهفته بود. گاهی نیز تسویه حساب‌های شخصی سبب گرفتاری‌هایی از این دست می‌شد. کار به جایی رسید که حتی نگاه ناجور به عکس «اعلی حضرت» عقوبت داشت.
«جلاد» و «میرغضب» از دیگر ملزومات سلطنت بود. «میرغضب باشی» به‌عنوان رئیس دستگاه جلادان حکومتی بر کار سایر «میر غضب‌ها» نظارت می‌کرد. حکام و فرمانروایان ایالات و ولایات نیز محبس، عذابخانه، «جلاد»، «میرغضب» و «نسقچی» و... خودشان را داشتند. خشونت عریان و بی‌حساب و کتاب «میرغضب باشی» و دستگاه تحت امرش نقشی بسیار کارساز در خاموش کردن صدای مخالفان، برقراری امنیت برآمده از خفقان و تثبیت و تحکیم پایه‌های حکومت ایفا می‌کرد. بریدن دست و آرنج، شقه کردن، به توپ بستن، پرتاب از مناره، لای جرز گذاشتن و ریختن سرب مذاب در گلو از رایج ترین ابتکارات دستگاه «میرغضب باشی» در تقابل با مجرمان و محکومان سیاسی و غیرسیاسی بود. امور کم‌اهمیت‌تری مانند شلاق زدن به وسیله «فراش‌باشی»ها انجام می‌شد. کسبه و اصنافی که از نظم موجود تخطی می‌کردند، طعمه‌های خوبی برای «فراش‌باشی» بودند. برای سر کیسه کردن صاحب منصبان مطرود و دستیابی به ذخایر مالی و گنجینه‌های آنها نیز از این قبیل شیوه‌ها استفاده می‌شد. گاه بسته به اهمیت جرایم، همسر و فرزندان متهم نیز در امان نمانده و برای بروز اطلاعات یا تحت فشار قرار دادن متهم اصلی شکنجه می‌شدند. چنان‌که برخی منابع از تجاوز به فرزندان میرزارضای کرمانی در زمان حبس وی در زندان انبار شاهی تهران خبر داده‌اند.
جعفر شهری نیز در تشریح اوضاع زندان، زندانیان و زندانبانان و میرغضبان آن روزگار می‌نویسد: «زندانیان را به محض ورود با لگد و چک و اردنگی و سیلی و مشت و سخنان دور از عفت و طهارت [ناگزیر به اعتراف می‌کردند.] داخل زندان‌ها نیز وضعیت اسفناکی داشت. اتاق‌هایی در ظرفیت شش، هشت نفره را به شصت، هفتاد نفر اختصاص می‌دادند تا آنجا که برای نشستن مکان نداشته، باید ایستادن و نشستن را میان خود نوبت بنهند و به همین ترتیب خوابشان که دوسومشان سرپا مانده تا دیگران مچاله نشوند.
وضع در زندان‌های تک‌نفره به‌گونه‌ای بود که یک تن می‌توانست سرپا بایستد... در زندان‌ها آب نبود؛ مگر آب با نمک مخلوط که عطش زندانی را زیادتر کند و نان و غذا نبود مگر نان به ادرار آلوده و به نجاست آغشته که جلو خودشان بر آن ادرار و پلیدی کرده، وادار به خوردنشان بکنند. جای خواب نبود به جز زمین نمناک...[و] زندانیانی که باید از همه وحشت داشته مونسی نداشته باشند که با یکیشان بتوانند راز و نیاز کنند. از زندانیان قلم و کاغذ و کتاب و هرگونه وسایل سرگرمی...دریغ [می‌شد] و هر نوع مذاکره و سخن و گفت‌وگو... [قدغن بود] ...مگر بتوانند با چشم و ابرو و اشاره و ایما سخنی میانشان رد و بدل بشود.»
حکومت ایران اولین بار در روزگار سلطنت محمدشاه و صدارت حاج میرزا آقاسی و بر اثر فشار سفارتخانههای خارجی (که صد البته با اعمال این‌گونه فشارها به دنبال دستیابی به مطامع و منافع سیاسی دول متبوع خود بودند) ناگزیر به صدور حکمی مبنی بر ممنوعیت شکنجه شد که البته هیچ‌کس آن را جدی تلقی نکرد. بعدتر و وقتی در روزگار کوتاه صدارت امیرکبیر، فشار سفارتخانههای روس و انگلیس برای اجرای حکم معوق مانده مذکور ادامه یافت. امیر در جواب گفت: «بنا و قانون ما با بندگان خدا مبنی بر عدل است.
با این حال وضع اجتماعی ایران به طریقی است که کسی از صدور چنین حکمی منتفع نمی‌شود و «اشرار قطاع‌الطریق حمل بر عدل نمی‌کنند...و باعث ازدیاد جرأت و جسارت الواط و اشرار خواهد شد.»
میرزا تقی‌خان به فراست دریافته بود که تامین عدالت و حقوق اجتماعی افراد منفک از اقدامات دیگر امکان‌پذیر نخواهد بود و نمی‌توان با خطبه و خطابه و اعلان رسمی در روزنامه به آن دست یافت. با این همه تلاش کرد به تدریج و با اعمال مقرراتی محدودکننده، حکام ولایات و مجموعه تحت امر ایشان را ناگزیر به رعایت انصاف و عدالت کند. او در همین رابطه و در فرمانی به حاکم گیلان نوشت: « عدالت را فرض حکومتی بشناسید. مراقبت کنید که احقاق حق بشود. اغماض و چشم‌پوشی ابدا در میان نباشد که خلاف رضای خدا و مغایر عدالت است...»
سرانجام در تاریخ ۲۵ربیع‌الثانی۱۲۶۶ق فرمانی از سوی امیر صادر و ارتکاب به شکنجه ممنوع شد: «در این وقت از قرار شکایاتی که مقرون سمع همایون افتاد، حکام ولایات مکرر بندگان خدا را خواه به‌جهت اقرار تقصیری که متهم می‌شوند و خواه محض ابراز جایی که اموالشان پنهان بوده به شکنجه می‌گذارده‌اند. چنین حرکتی منافی مروت و احکام شرع و خلاف رای اقدس شهریاری است. لهذا قدغن می‌فرماییم که به هیچ بهانه متهمان را به شکنجه نگذارند. پس از آنکه تقصیر متهمان ثابت و محقق شد، به اندازه تقصیرشان گرفتار همان سزای شرعی و عرفی شوند. حکام ولایات مزبور به هیچ وجه کسی را به شکنجه اذیت نرسانند و مراقب باشند که اگر احدی مرتکب چنین عملی شود، مورد مواخذه و سیاست خواهد شد. باید حسب‌المقرر معمول داشته تخلف و تجاوز از مدلول حکم قضا شمول ننماید.» روزنامه «وقایع اتفاقیه» با اشاره به همین اتفاق می‌نویسد: «...ازآنجاکه مراسم عدالت گستری و رعیت‌پروری شیمه کریمه ملوکانه است، رسم شکنجه را که در عهود سلاطین ماضیه فی‌مابین حکام و ضباط ولایات معمول و متداول بود، به صرافت طبع مبارک خودشان به کلی موقوف و متروک داشته، احکام متاعه شدیده به افتخار عموم حکام و ضباط ممالک محروسه پادشاهی صادر شد که بعد از این فعل شنیع شکنجه را مرتکب نشوند.»
این اولین گام عملی و برخاسته از ذهنیات دولتمردی ایرانی در جهت التزام به قانون و پرهیز از شکنجه و ارعاب بود. اقدامی با ارزش که اگرچه در برابر فرهنگ حاکم و پیشینه بسیار طولانی استبدادِ قانون گریز مجال ظهور و بروز چندانی نیافت، اما به مبدأیی قابل احترام برای تلاش مصلحان و طرفداران حاکمیت قانون تبدیل شد.
