یکی از نکات بسیار مهمی که جواد نکونام هنگام حضور در فوتبال اروپا به درستی آن را آموزش دید، بحث تغذیه بود. البته خوشبختانه این علم مهم در حال حاضر جایگاه ویژه‌ای داخل ورزش ایران پیدا کرده است اما بدون تعارف باید بگوییم ۱۷ سال قبل که نکونام راهی لالیگا شد، تغذیه در ایران به اندازه‌ای که هم اکنون اهمیت دارد، در ورزش ما مطرح نبود.
سرمربی استقلال تاکید دارد بازیکنانش حتماً باید طبق برنامه‌ای که او و سایر مربیان با مشاوره متخصصین تغذیه تدوین کرده‌اند روند غذا خوردن روزانه خود را جلو ببرند. البته این مسئله در زمانی که استقلال اردو دارد، مرتب‌تر دنبال می‌شود. وقتی استقلال داخل اردوی شبانه‌روزی می‌رود یا هنگامی که بازیکنان درون محل تمرین ناهار می‌خورند، صرف غذاهای سرخ‌کردنی اعم از سوسیس و همبرگر به طور کامل برای استقلالی‌ها ممنوع است و هیچکس اجازه ندارد حتی برای میان وعده از آن استفاده کند.
علاوه بر این، جواد نکونام مرغ سوخاری را هم برای بازیکنانش ممنوع کرده و آنها اجازه خوردن این غذا را در داخل اردو ندارند. قاعده‌ای که البته تا امروز به طور کامل رعایت شده و هیچ بازیکنی از آن تخلف نکرده است. بازیکنان استقلال همچنین یک برنامه هم برای وعده‌های غذایی که درون منزل خودشان هستند، دریافت کرده‌اند و به آنها توصیه شده تا سرحد امکان از فست فود استفاده نکنند.
