براساس گزارش کمیسیون صنایع اتاق ایران، مهم‌ترین چالشهای این صنعت، عبارتند از مشکلات تامین برخی از مواد اولیه نظیر میوه‌های صنعتی در صنعت آبمیوه و کنستانتره و این یکی از بزرگ‌ترین چالشهای صنعت غذایی است. نوسانات در تولید محصولات کشاورزی بهعنوان مواد اولیه موردنیاز صنعت نیز این بخش را تهدید می‌کند. نقاط ضعف این صنعت به همین موضوعات ختم نمی‌شود و آب‌بری و انرژی‌بری نسبتا بالای این صنعت، آینده آن را با تهدید مواجه کرده است.
از سوی دیگر، سرمایه‌گذاری بزرگ کشورهای همسایه بهعنوان کشورهای هدف صادراتی صنایع غذایی و آشامیدنی ایران در بخش کشاورزی و صنایع غذایی باعث شده است تا نه‌تنها بازارهای هدف از دست بروند، بلکه شرایط با چرخش مواجه شود و حال این ایران است که به سوی واردات از دیگر کشورها در این بخش حرکت می‌کند. با این حال، هنوز هم امید زیادی برای پیشرفت این بخش بزرگ موجد ارزش‌افزوده وجود دارد. تولید متنوع و گسترده محصولات کشاورزی و غذایی در کشور، افزایش تقاضا به‌واسطه گسترش جمعیت شهرنشین در کشور و منطقه، وابستگی کم به واردات مواد اولیه، برخورداری از شبکه توزیع گسترده عمده و خرده‌فروشی و مالکیت بالای بخش خصوصی، نقاط قوت و فرصت‌‌‌های این صنعت در ایران هستند.
توجه بالا به مالکیت بخش خصوصی در این صنعت باعث شده تا بازاری رقابت‌پذیر به وجود بیاید و به واسطه آن، تلاش برای خلق نوآوری و استفاده از فناوریهای نو در جهت گسترش فعالیت صنایع غذایی و آشامیدنی، شکل بگیرد. اهمیت پیشرفت فناوریهای نوظهور در تولید صنعت غذایی و آشامیدنی و مقایسه آن با فناوریهای سنتی، موضوعی است که در این گزارش به آن پرداخته شده و بر همین اساس، سه روند «امنیت غذایی»، «انطباق زیست محیطی» و «به سوی خودکفایی» برای ادامه کار این صنایع در زمینه فناوری‌‌‌هایی نو تبیین شده است.
براساس آمار، با وجود نوسان‌‌‌های متعدد طی سال‌های گذشته، صنعت غذایی و آشامیدنی هم‌اکنون با سهم نزدیک به ۳.۷درصد از تولید ناخالص داخلی، یکی از مهم‌ترین صنایع کشور به شمار می‌‌‌آید. در کنار سهم این صنعت از تولید ناخالص داخلی کشور، این صنعت در ایجاد اشتغال و ارزش‌افروده نیز جایگاه قابل ملاحظه‌‌‌‌‌‌ای دارد. این صنعت به‌خصوص از سال ١٣٩٤، با جهشی قابل ملاحظه توانسته است یکی از صنایع مهم کشور در اشتغال‌زایی و ایجاد ارزش‌افزوده باشد.
برخی از ویژگی‌‌‌های عملکردی مهم این صنعت در سال ١٣٩٩ در مقایسه با سایر صنایع کشور در ادامه بررسی شده است.
صنعت غذایی و آشامیدنی اولین صنعت اشتغال‌زای کشور است، به طوری که سهم ١٨درصدی از کل‌‌‌اشتغال بخش صنعت متعلق به این صنعت است. با وجود اشتغال‌زایی بالا، متوسط اشتغال هر بنگاه این صنعت از متوسط اشتغال هر بنگاه صنعتی پایین‌‌‌‌تر است (در حالی که متوسط اشتغال هر بنگاه صنعت غذایی و آشامیدنی ٦١نفر است، متوسط اشتغال هر بنگاه صنعتی ٨٠نفر است). این صنعت چهارمین صنعت ارزش‌زای کشور با سهم ١١درصدی از کل ارزش‌افزوده بخش صنعت است. این صنعت چهارمین صنعت صادراتی کشور با سهم ٥درصدی از کل صادرات صنعتی است و وابستگی بالایی به فروش در بازار داخل دارد؛ چرا که ٩٣درصد فروش این صنعت در بازار داخلی است. این صنعت وابستگی پایینی به واردات مواد اولیه دارد، به طوری که تنها ٤درصد مواد اولیه این صنعت وارداتی است. صنعت غذایی و آشامیدنی پنجمین صنعت انرژی‌بر کشور با سهم ٥درصدی از کل مصرف انرژی صنعت است. در سبد انرژی مصرفی این صنعت، برق با سهم ٥١درصد و گاز طبیعی با سهم ٣٨درصد، مهم‌ترین منابع انرژی به شمار می‌آیند. صنعت غذایی و آشامیدنی سومین صنعت آب‌بر کشور است، به طوری که ٩درصد از مصرف آب کل صنعت متعلق به این صنعت است.
براساس آمار، در ازای هر ۱۰۰ریال افزایش تقاضا در این صنعت، فعالیت‌‌‌های زراعی، باغداری و خدمات کشاورزی ۴۳ریال تقاضا کسب می‌کنند. فعالیت‌‌‌های دامداری سنتی و صنعتی نیز ۳۴ریال و فعالیت‌‌‌های مرغداری، ۱۵ریال تقاضا را به ازای هر ۱۰۰ریال افزایش تقاضا در این صنعت به خود جذب می‌کنند. از سوی دیگر فعالیت‌‌‌های ساخت محصولات شیمیایی نیز ۲۲ریال به ازای هر ۱۰۰ریال افزایش تقاضا در صنعت غذایی و آشامیدنی، تقاضای جدید به دست می‌‌‌آورند. فعالیت‌‌‌های تولید مواد لاستیکی و پلاستیکی در ازای هر ۱۰۰ریال افزایش تقاضا در صنایع غذایی با ۱۷ریال افزایش تقاضا مواجه خواهند شد. فرآورده‌‌‌های حاصل از تصفیه نفت نیز به ازای هر ۱۰۰ریال افزایش تقاضا در صنایع غذایی، ۷ریال تقاضا به خود جذب می‌کنند. محصولات کاغذی نیز ۵ریال افزایش تقاضا را در ازای رشد ۱۰۰ریالی تقاضا در صنعت غذایی و آشامیدنی تجربه می‌کنند. محصولات فلزی فابریکی نیز ۷ریال افزایش تقاضا در این وضعیت خواهند داشت. فعالیت‌‌‌های عمده‌فروشی و خرده‌فروشی ۳۶ریال و فعالیت‌‌‌های حملونقل و لجستیک نیز ۲۱ریال افزایش تقاضا را در ازای هر ۱۰۰ریال رشد تقاضای محصولات این صنعت تجربه خواهند کرد.
تولید متنوع و گسترده محصولات کشاورزی و غذایی در کشور، افزایش تقاضا به‌واسطه گسترش جمعیت شهرنشین در کشور و منطقه، وابستگی کم به واردات مواد اولیه، برخورداری از شبکه توزیع گسترده عمده و خرده‌فروشی و مالکیت بالای بخش خصوصی، نقاط قوت و فرصت‌‌‌های صنعت غذایی و آشامیدنی در ایران هستند.
مطابق همه صنایع در ایران، صنعت غذایی و آشامیدنی نیز تهدیدها و نقاط ضعف به مراتب بیشتری را نسبت به نقاط قوت و فرصت‌‌‌های موجود تجربه می‌کند. براساس این گزارش، تاثیرگذاری محدود محرک‌های اقتصادی، ارتقای بهره‌وری به‌واسطه سهم بالای نیروی کار ساده و مقیاس کوچک بنگاههای صنعت از مهم‌ترین مشکلات این حوزه هستند. همچنین کاهش بهره‌وری تولید به واسطه ضایعات بالا مشکلی است که در این صنعت، بنگاههای فعال را اذیت می‌کند. اولویت (توان پرداخت/ تمایل) پایین در بنگاه‌ها برای به‌روزرسانی و نوسازی تجهیزات و فناوری‌‌‌ها از مهم‌ترین نقاط ضعف این صنعت است.
مشکلات تامین برخی از مواد اولیه نظیر میوه‌های صنعتی در صنعت آبمیوه و کنستانتره یکی از بزرگ‌ترین چالشهای این صنعت است که در نتیجه آن، امکان گسترش فعالیت‌‌‌های صنعتی وجود ندارد. همچنین نوسانات در تولید محصولات کشاورزی بهعنوان مواد اولیه موردنیاز صنعت این صنایع را تهدید می‌کند.
مشکلات و چالشهای این صنعت به همین موضوعات ختم نمی‌شود و آب‌بری و انرژی‌بری نسبتا بالا نیز آینده آن را با تهدید مواجه کرده است. ظرفیت بالاتر از نیاز داخل برای برخی از محصولات نظیر ماکارونی، تهدید دیگری است که در این گزارش بر آن تاکید شده است. همچنین یارانه دولت برای بسیاری از محصولات غذایی و افت تقاضا در صورت قطع یارانه از دیگر مشکلات این صنعت است.
سرمایه‌گذاری عمده ترکیه بر واردات و فرآوری مواد غذایی (گندم و آرد)، سرمایه‌گذاری عمده عربستان بر فرآوری مواد غذایی و آشامیدنی (پنیر، آبمیوه و شیرینی) و سرمایه‌گذاری عمده امارات بر فرآوری مواد غذایی و آشامیدنی (شکر تصفیه‌‌‌‌شده، روغن کلزا و شکلات) به عنوان رقبای ایران، موضوعات تهدید‌آمیز هستند و غفلت از این بخش‌‌‌ها، نتیجه زیان‌باری به بار می‌‌‌آورد.
سیستم حملونقل و توزیع گران نسبت به ارزش برخی از محصولات نظیر آب‌معدنی باعث می‌شود بهای نهایی کالا، صرفه اقتصادی خرید آن را کاهش داده و در نتیجه کاهش تقاضا در این بخش مشاهده شود. ضعف در اخذ گواهینامه‌‌‌‌های معتبر بین‌المللی نیز باعث شده است تا میزان اعتماد متقاضیان به کالاها با کاهش مواجه شود.
چالشهای تامین نقدینگی با توجه به فصلی بودن مواد اولیه صنعت و لزوم خرید در زمان‌های مشخص کوتاه نیز باعث کند شدن روند پیشرفت این صنایع شده است. سهم بالای هزینه توزیع از سبد هزینه صنعت در این صنعت به‌واسطه فقدان شبکه توزیع مناسب نیز از موانع مهمی است که این صنعت با آن به چالش برخورده است. نبود تشکیلات سازمان‌دهنده صادرات و ساختارهای جمعی و مشترک برای صادرات باعث شده است تا این صنعت به‌رغم وضعیت صادراتی قابل قبول خود، هنوز هم از شرایط آرمانی به دور باشد.
از سوی دیگر، کاهش مزیت نسبی قیمت‌های صادراتی در نتیجه افزایش مداوم هزینه تمام‌شده و نهایتا از دست دادن بازارهای هدف صادراتی نیز مزید بر علت شده است تا شرایط تجاری این صنعت، هنوز هم جای پیشرفت قابل‌توجهی داشته باشد. فقدان نظام کنترل بر زنجیره مواد غذایی حلال کشور و معرفی آنها در سطح بین‌المللی باعث شده است تا بازارهای هدف، به‌خوبی شناسایی نشده و صنایع غذایی ایران حضور قابل‌توجهی در آن نداشته باشند.
همچنین تغییرات تعرفه و ممنوعیت و مجوزهای مقطعی در واردات و صادرات نقش موثری در عدم‌رشد تجاری این صنعت داشته است. در نهایت، یکی دیگر از چالشهای این صنعت بزرگ، کمبود و عدم‌ثبات در زمینه زیرساخت‌‌‌های حملونقل از قبیل خطوط ریلی و پایانه‌‌‌های بندری و نیز ناوگان تخصصی مانند کشتی‌‌‌های یخچال‌دار است.
در حالی که کشورهای توسعه‌یافته در مسیر پیشرفت سریع در توسعه فناوریهای جدید (بیوتکنولوژی، اکوسیستم‌های تولید غذای مصنوعی مبتنی بر بیورآکتور، کشاورزی دایره‌‌‌ای، مزارع عمودی، کشاورزی دقیق روباتیک، لجستیک هوشمند و تولید غذای بدون زمین از طریق سنتز شیمیایی مستقیم مواد مغذی) قرار دارند، سایر کشورها از جمله کشورهای در حال توسعه هنوز درگیر پذیرش و انطباق فناوریهای موج قبلی (محصولات اصلاح‌شده ژنتیکی، آبیاری قطره‌ای و...) هستند. از این‌رو موج جدید پیشرفت‌‌‌های فناوری به‌‌‌کندی در بسیاری از نقاط جهان گسرش پیدا می‌کند و این امر متاثر از چالش‌‌‌هایی نظیر کمبود سرمایه‌گذاری یا عدم‌پذیرش فناوریهای پایه‌‌‌‌‌‌ای است. اهمیت صنعت غذایی سبب شده است تا امروزه مرز پررنگی میان فناوریهای سنتی و نوظهور در صنعت غذایی ترسیم شود که برخی از آنها در ادامه ذکر شده است.
فناوریهای تسریع انتخاب، رشدبذر و اصلاح نژاد حیوانات، مهندسی ژنتیک سنتی گیاهان و جانوران کشاورزی، واکسن‌‌‌ها، آنتی‌‌‌بیوتیک‌‌‌ها و داروهای ضدویروس برای دامپروری، تکنیک‌‌‌های مدیریت یکپارچه آفات و آفت‌‌‌کش‌‌‌های زیستی، تجهیزات برای کنترل ایمنی زیستی در سراسر زنجیره ارزش، فناوری کودهای کامپاند، کندرهش و سفارشی، فناوریهای کشاورزی دقیق اولیه، فناوریهای ساخت ماشین‌آلات کشاورزی همه‌جانبه، فناوری برای فرآوری عمیق مواد کشاورزی و شیلات و بیوتکنولوژی‌‌‌های پایه برای فرآوری مواد غذایی از جمله مرزهای فناوریهای سنتی در صنعت غذایی هستند.
توالی‌یابی نسل بعدی و سایر بیوتکنولوژی‌‌‌های پیشرفته، فناوری برای کشاورزی پایدار، دایره‌‌‌ای و ارگانیک، فناوریهای پیشرفته کشاورزی دقیق (وسایل نقلیه هوایی بدون سرنشین، شبکه‌‌‌های حسگر، روباتیک ازدحام و هوش مصنوعی)، تجهیزات کشاورزی شهری (آبزی‌‌‌پروری چرخشی و مزارع عمودی)، فناوریهای پیشرفته استفاده از زباله از جمله انرژی زیستی نسل بعدی، لجستیک کشاورزی و سیستم‌های حملونقل هوشمند، ذخیره‌سازی روباتیک و فناوری برای تولید مواد غذایی بسیار شخصی‌سازی‌شده و کاربردی و فناوری برای تولید مواد غذایی مصنوعی و مهندسی بافت نیز از جمله مرزهای فناوریهای سنتی در صنعت غذایی به شمار می‌روند.
روندهای ذکرشده برای صنعت غذایی و ترکیب آنها با فناوریهای در حال توسعه موجب شده است تا سه روند اساسی برای این صنعت طی دهه‌‌‌‌های آتی مورد توجه قرار گیرد. این سه روند را می‌توان به طور مشخص «امنیت غذایی»، «انطباق زیست محیطی» و «به سوی خودکفایی» برشمرد؛ به طوری که در امنیت غذایی تامین کافی غذای سالم، در انطباق زیستمحیطی، به‌کارگیری فناوری و ملاحظات زیستمحیطی در تولید غذا و در خودکفایی کاهش ضایعات و بهره‌گیری موثر و کارآ از منابع در دسترس مورد توجه قرار می‌گیرد.
