متهم ردیف اول دادگاه منافقین یک شخصیت حقوقی به نام تشکیلات موسوم به مجاهدین خلق (معروف به گروهک منافقین) است. نماینده دادستان در اولین جلسه دادگاه در این باره گفت: در کارنامه این گروهک تروریستی فهرست بلندی از ترور شخصیت‌های سیاسی، علمی و مذهبی ایران وجود دارد. ترور ۷۲ نفر از شخصیت‌های سیاسی کشورمان با انفجار در دفتر حزب جمهوری اسلامی، ترور ناکام مقام معظم رهبری، ترور شهیدان رجایی و باهنر، ترور آیت‌الله دستغیب، آیت‌الله قدوسی و آیت‌الله مدنی، ترور صیاد شیرازی و ترور دانشمندان هسته‌ای از دیگر اقدام‌های تروریستی این گروهک است.
طبق کیفرخواست صادره «مسعود رجوی فرزند میرزاحسین با شماره شناسنامه ۶۷ و کد ملی ۰۸۳۹۴۲۰۹۵۱ متهم ردیف دوم پرونده و رهبر منافقین بوده است.
مسعود رجوی در سن ۱۹ سالگی به دنبال ارتباط تنگاتنگی که با محمد حنیف نژاد از کادر‌های اولیه‌ی سازمان داشت با منافقین آشنا و جذب سازمان می‌شود. در همین رابطه نیز در سال ۱۳۵۰ توسط ساواک دستگیر و به اعدام محکوم می‌شود که با وساطت برادرش که از منابع ساواک بوده مجازاتش به حبس ابد تقلیل می‌یابد و در ادامه نیز در زندان به عنوان رهبر سازمان مطرح می‌شود.
نامبرده ابتدا با فیروزه بنی صدر ازدواج و پس از مدتی از یکدیگر جدا می‌شود و بعد از آن با مریم (رجوی) قجر عضدانلو، (همسر مهدی ابریشمچی) ازدواج تشکیلاتی کرده و انقلاب ایدئولوژیک را در سازمان مطرح می‌کند.
مسعود رجوی در ۳۰ خرداد ماه سال ۱۳۶۰ در اطلاعیه‌ای دستور جنگ مسلحانه را علیه نیرو‌های انقلاب صادر کرده و بسیاری از اقدامات تروریستی و جنایات علیه نیرو‌های انقلاب صادر کرده و بسیاری از اقدامات تروریستی و جنایات علیه مسئولین نظام و مردم ایران را سبب می‌شود.
نامبرده در تاریخ ۷ مرداد سال ۱۳۶۰ هجری شمسی به همراه بنی صدر با مشارکت در هواپیماربایی توسط خلبان شاه سرهنگ معزی از طریق مرز هوایی از کشور خارج و به فرانسه پناهنده می‌شود.
فعالیت‌ها و اقدامات او عبارت است از صدور فرمان طلاق اجباری برای اعضاء، صدور فرمان جدایی فرزندان اعضاء از والدین، تأسیس گروه تروریستی (شبه نظامی) موسوم به ارتش نفاق در عراق در سال ۱۳۶۵ و شرکت در جلسات مختلف با استخبارات عراق و همکاری مستقیم با رژیم بعث و شخص صدام، صدور فرمان و مشارکت در عملیات‌های مختلف سازمان از جمله فروغ جاویدان.
در اولین جلسه دادگاه، فیلمی از مسعود رجوی پخش شد که سرکرده منافقین با ژنرال حبوش رئیس سرویس اطلاعات عراق دیدار کرده و به او اعلام می‌کند که جنایت ۷ تیر توسط این گروهک صورت گرفته و کاخ سفید و کاخ الیزه از آن با خبر بودند.
نامبرده تحت تعقیب اینترپل بوده و دارای اعلان قرمز به شماره ۲۰۰۲-۴۴۱/۶-A می‌باشد.
سازمان منافقین در ادامه اقدامات تروریستی و براندازانه‌ی خود، رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر وقت و سپس دادستان کل انقلاب و تعدادی از ائمه جمعه مراکز استان‌های کشور را با بمب‌گذاری و انجام عملیات انتحاری به شهادت رساندند و به موازات آن به‌طور وسیعی به نحو افسار گسیخته و به دور از هرگونه عقلانیت و به‌طور کاملاً وحشیانه اقدام به ترور غیر نظامیان و مردم عادی کردند. اما به دلیل مقاومت‌های شورانگیز مردم و مسئولین نظام، بسیاری از اعضای این سازمان دستگیر و مجازات شده یا در درگیری‌های مسلحانه کشته شدند؛ به نحوی که سران سازمان، ماندن در ایران را برابر با نابودی کامل خود تلقی کرده و به‌منظور ادامه‌ی حیات خود در ابتدا سرکرده‌ی آن‌ها، مسعود رجوی به همراه رئیس جمهور مخلوع، ابوالحسن بنی صدر از کشور گریخته و متعاقب آن سایر کادر‌ها و اعضایی که از درگیری‌ها جان سالم به در برده بودند، به خارج از ایران گریختند. ولی همچنان از طریق تعداد محدود هواداران فریب خورده، اقدامات تروریستی خود را تا سال‌ها بعد در کشور ادامه دادند.
رهبر سازمان در سال ۱۳۶۴ در فرانسه و در حومه پاریس (که محل استقرار اصلی سران گروه محسوب می‌شد) با انتشار اطلاعیه‌هایی اعلام «انقلاب ایدئولوژیک» کرد و این تصمیم در حقیقت با هدف فرار از پاسخگویی نسبت به تصمیم‌گیری‌های خیانت باری بود که منجر به وقوع جنایات بسیار شده بود.
با جریان انقلاب ایدئولوژیک همه‌ی اعضا به یک نسبت موظف به وصل خود به رهبر گروه بودند و در خلال همین پروژه بود که مریم قجر عضدانلو بدون هیچ گونه دلیل عقلی و شرعی، ابتدا از همسر خود طلاق گرفته و به همسری مسعود رجوی درآمده و نام مجازی مریم رجوی را بر خود اطلاق کرد. سپس نهاد خانواده به منزله یک مانع در راه منویات رهبری سازمان در سراسر تشکیلات هدف قرار گرفت و به بهانه‌های گوناگون کلیه زنان و مردان و فرزندانی که همگی بخشی از نهاد خانواده را تشکیل می‌دادند، بالاجبار و بر اساس یک دستور تشکیلاتی خشک و یک تکلیف اجباری سازمانی از هم جدا شده و نهاد خانواده برای همیشه در میان صفوف و تشکیلات سازمان متلاشی شد. سپس همه‌ی مردان از مسئولیت‌های مهم و رده‌های بالای سازمان عزل شده و به جای آن زنان و دخترانی گمارده شدند که فرمان پذیری و تبعیت بیش‌تری از خود نشان می‌دادند. مجموعه این اقدامات درون سازمانی به نحوی انجام شد که از سوی بسیاری از صاحب نظران، این گروه به‌عنوان یک فرقه و مسلک مورد ارزیابی و شناسایی قرار گرفت.
با انقلاب ایدئولوژیک، سرکرده‌ی سازمان برای اتخاذ تصمیمات جنایتکارانه خود، با مقاومت و مخالفت بسیار کمتری در میان اعضا مواجه بود و اعضای سازمان وصف «سرسپاری» را به‌عنوان یک ارزش والای تشکیلاتی از افتخارات خود می‌دانستند. در این فضای درونی تشکیلات بود که رجوی (همراه با همسر جدیدش) راه‌های خیانت و جنایت را در ابعاد وسیع ملی و میهنی و بین‌المللی طی کردند.
مسعود رجوی (نفر اصلی و کلیدی سازمان) در ابتدای روی کار آمدن حکومت جمهوری اسلامی عضو کادر رهبری بود و به صورت غیر علنی ریاست سازمان را نیز بر عهده داشت. از سال ۱۳۶۰ هجری شمسی و بعد از مرگ موسی خیابانی، مسعود رجوی در موضع مسئول اول سازمان و به تنهایی در رأس تمامی امور سازمان قرار گرفت. در آن مقطع بالاترین رده‌ی تشکیلاتی مسئول اولی سازمان محسوب می‌شد و این جایگاه تشکیلاتی به مثابه‌ی «رهبری» سازمان به شمار می‌آمد. او به صورت همزمان در ۳۰ تیر ۱۳۶۰ هجری شمسی به عنوان مسئول شورای موسوم به ملی مقاومت و تحت پوشش شورایی که متشکل از تعدادی از مخالفان نظام جمهوری اسلامی بود، به فعالیت پرداخت و اساس تشکیل شورای مزبور براندازی نظام جمهوری اسلامی با توسل به مبارزه قهرآمیز بود.
همچنین از ۳۰ خرداد سال ۱۳۶۶ با تشکیل ارتش موسوم به ارتش آزادی بخش ملی ایران به عنوان فرمانده عالی ارتش آزادی بخش در تدارک تشکیلات نظامی تمام عیار جهت سرنگونی نظام جمهوری اسلامی نقش محوری را ایفا کرد. در سال ۱۳۶۸ هجری شمسی و با انتخاب مریم رجوی به عنوان مسئول اول سازمان مسعود رجوی جایگاهی والاتر و به اصطلاح معنوی برای خود قائل شد و ضمن این که همچنان در تمامی جزئیات امور نظامی و ایدئولوژیک سازمان ورود داشت، خود را به عنوان رهبر عقیدتی سازمان معرفی کرد. او در تمامی پست‌ها و سمت‌های مذکور نقش اصلی را در سازمان دهی اقدامات تروریستی علیه ملت و حکومت ایران ایفا کرده است.
سازمان همزمان با جنگ ۸ ساله عراق با ایران، ضمن انتقال کلیه اعضای سازمان به کشور عراق، به مزدوری و مشارکت وسیع و صریح و علنی با رژیم بعث عراق در آمد. این سازمان با حمایت و پشتیبانی رژیم بعث صدام حسین هم از حیث مالی و هم از جنبه نظامی با تحویل پادگان اشرف به آنان در آن ایام، حمله مستقیم به مرز‌های کشور و به شهادت رساندن غیرنظامیان و سربازان مدافع کشور در اهداف خود گنجاند. جاسوسی و ارائه‌ی اطلاعات و اسرار کشور به بیگانگان، ادامه اقدامات تروریستی در اشکال گوناگون، از جمله حمله مسلحانه به مردم در شهر‌ها و مناطق مسکونی، شناسایی اماکن و مراکز حساس و حیاتی کشور و دادن اطلاعات آن به دشمن و نیز انفجار خطوط و لوله‌های نفتی، حمله به پاسگاه‌های مرزی و ... از اقدامات آن‌ها بود و حتی پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط جمهوری اسلامی ایران رهبر سازمان با اخذ اجازه از دولت متجاوز بعث عراق و در قالب یک به‌اصطلاح ارتش مکانیزه به مرز‌های جمهوری اسلامی ایران حمله کرده و با سودای فتح ۳ روزه‌ی تهران، جنایاتی را تحت نام عملیات موسوم به فروغ جاویدان آفرید که علاوه بر تحمل تلفات سنگین، تعداد زیادی از مردم عادی و غیرنظامیان و نیرو‌های مدافع کشور نیز به شهادت رسیدند.
پس از پایان جنگ ایران و عراق و علی‌رغم برقراری آتش بس بین دو کشور، سازمان همچنان بر رویه‌ی خیانت بار خود اصرار ورزیده و در مواقعی که روابط دو کشور به تیرگی می‌گرایید به شکل یک مزدور، خوش خدمتی به دشمن را فراموش نمی‌کرد. در این دوره علاوه بر برخی ترورها، حمله موشکی به برخی ادارات و نهاد‌های دولتی و حکومتی ۱۱ و جاسوسی‌های علمی، فنی و سیاسی و اقتصادی و ... و بمب‌گذاری در خطوط لوله‌های نفتی و. را در کارنامه خود دارند.
در خلال انتفاضه اول مردم عراق در سال ۱۳۷۰ سازمان همراه با دستگاه نظامی و امنیتی رژیم بعث عراق نسبت به سرکوب مردم عشایر و کرد‌های عراقی ۱۲ اقدام کرده و بسیاری از مردم بی‌گناه را به شهادت رساندند. پس از آن هرچه زمان می‌گذشت، امکان ادامه‌ی حضور همراه با فعالیت‌های تروریستی آنان در عراق سخت‌تر می‌شد. در سال ۱۳۶۷ و در جریان یک سری صحنه سازی‌های تصنعی از سوی شورای به‌اصطلاح ملی مقاومت (که در واقع نقش پوشش سیاسی سازمان را ایفا می‌کرد) ابتدا مریم رجوی به مقام جعلی رئیس جمهوری ایران معرفی و چند روز پس از آن به همراه تعدادی از کادر‌های فعال سازمان و به‌منظور تشدید فعالیت‌های بین‌المللی علیه جمهوری اسلامی ایران به اروپا و فرانسه اعزام شدند.
بعد از آن، سازمان همواره در تلاش بوده تا به هر نحو ممکن و تحت هر عنوان در عراق حضور داشته و با حمایت برخی سیاسیون غرب و عناصر و عشایر وابسته به رژیم سابق عراق، برای خود دیواره حمایتی و حفاظتی ایجاد نمایند. ولی عزم و اراده جدی مردم و دولت جدید عراق بر تمهیدات این گروه چیره شد و در مرحله اول کلیه عناصر سازمان در عراق در قرارگاه موسوم به اشرف تحت محاصره قرار گرفته و پس از آن به اردوگاهی به نام لیبرتی منتقل شده و در نهایت، در شهریور سال ۱۳۹۵ آخرین گروه از نفرات سازمان از عراق خارج و به کشور آلبانی منتقل شدند.
طبق اعلام نماینده دادستان، قطعاً این دوره، آخرین مرحله ازحیات ننگین آنان نبوده و این سازمان علی‌رغم شرایط اسفباری که بر آن حاکم است به حیات خوار و خفیف و خائنانه خود در قالب اشکال و برنامه‌های توطئه آمیز دیگری ادامه می‌دهند. تمامی عناصر این گروه همانند اعضای گروه موسوم به داعش، هر چند که در کشور‌های مختلف اقامت دارند و هم اکنون به‌طور سازمان یافته قادر به عملیات گسترده نظامی نمی‌باشند. لکن به‌صورت بالقوه پتانسیل تهدید امنیت تمام کشور‌های مقیم را دارند و در هر حال به حکم قانون و به حکم حق و عدل، می‌باید به کیفر جنایت‌های خود برسند. متهمان پرونده شاید برای توجیه اقدامات خود و یا فرار از چنگال عدالت، به دو قاعده حقوقی متوسل شوند. یکی قاعده مرور زمان و دیگری قاعده دفاع مشروع که هر چند از بدیهیات حقوقی و عرفی است و جرایم غیر انسانی و ضد امنیتی آنان مشمول هیچ یک از قوانین مذکور نمی‌شوند و توجیه ناپذیر است؛ مع‌الوصف بررسی حقوقی موضوع هر چند اجمالی و مختصر در این مقدمه خالی از فایده نیست.»
