پس از پایان دیدارهای استقلال در نیم فصل اول، فدراسیون فوتبال جواد نکونام را به خاطر اتفاقات حاشیه‌ای که هنگام برگزاری جدال استقلال مقابل ذوب آهن در کنار زمین به وقوع پیوست و همچنین عدم حضورش در کنفرانس مطبوعاتی قبل از چند مسابقه، با جریمه نقدی بسیار سنگینی مواجه کرد. جریمه‌ای که رقم آن ۴۰۰ میلیون تومان است و سر و صدای زیادی راه انداخت. البته به باشگاه اجازه اعتراض به حکم مذکور و بررسی مجدد آن در کمیته استیناف داده شد اما....
شنیدیم باشگاه استقلال هنوز به صورت رسمی پیرامون این مسئله اعتراض خود را در اختیار مقامات فدراسیون نگذاشته است. از طرف دیگر جواد نکونام هم نمی‌تواند به عنوان یک شخصیت حقیقی یا حقوقی به صورت مستقیم خواهان بررسی اعتراضش در کمیته استیناف شود.
در این باره گفته می شود به این خاطر درخواست تجدید نظر طولانی شده تا تیم حقوقی باشگاه بتواند تمام موارد مد نظرش را در لایحه دفاعی منظور کرده و یک دفاع قاطعانه از سرمربی خودش انجام بدهد.
