این پرونده از سال۱۳۵۸ تا ۱۸ تیر ۱۳۸۲ از سوی نهادهای مرتبط مرتبا پیگیری می‌شد و مدیران شرکت بوتان برای ادای توضیحات متعدد به اتهاماتی چون وابستگی به دربار، عدم‌‌‌‌‌پرداخت وجوهات شرعیه، فرار از پرداخت مالیات به دلیل زیانده بودن و مسائل دیگر، بارها به دادگاه احضار شدند تا اینکه سرانجام پس از بیش از۲۰ سال‌حکم به برائت شرکت بوتان از موارد اتهامی صادر شد. همین پرونده همراه با مسائلی از قبیل عدم‌‌‌‌‌رعایت نرخ فروش گاز مایع از سوی مدیران و رانندگان، کمبود عرضه، اخذ وجه برای تعویض سیلندر و... مدت‌‌‌‌‌های زیادی از وقت خلیلی و مدیران منطقه‌ای را گرفت و او را با مشکلاتی از قبیل مراجعات مکرر به دادگاه، دخالت سازمان‌های متعدد به بهانه کنترل و بازرسی در کار شرکت، تهیه لوایح حقوقی برای دادسرا، اداره اماکن، اداره تعزیرات، ستاد مبارزه با گران‌فروشی، پاسخ وکیل شرکت به دادگاه دستگیری مدیران، استعفای برخی از مدیران به علت شرایط پرتنش حقوقی، رفتن پیش‌‌‌‌‌روحانیون ذی‌نفوذ برای حل مساله درگیر کرد. در بعضی موارد، احکامی مثل پرداخت جریمه نقدی، تبعید و زندان در مورد وی صادر می‌شد. همه این مسائل محسن خلیلی را در شهرهای تهران، اصفهان، مشهد، کرمان و ۲۴شهر دیگر، در سال‌های ۱۳۶۰ تا ۱۳۷۷ درگیر کرد. مطالعه پرونده حقوقی محسن خلیلی و برخی از کارآفرین ها نشان می‌دهد بیش از صدها روز از وقت آنها، در محاکم صرف حل و فصل مسائل خرد و کم‌اهمیت می‌شد. موسسه‌‌‌‌‌ای که دو‌هزار نیرو و صدها معضل روزمره و پیچیده برای حضور در بازار و رقابت با شرکای داخلی و خارجی داشت، دیگر فرصتی برای اندیشیدن به برنامه‌های جدی و توسعه فعالیت‌ها نداشت، با این وجود شرکت بوتان به گسترش برنامه‌هایش توجه داشت. با پیروزی انقلاب مشکلات خاص ناشی از تب و تاب پیروزی و بحران دولتی‌کردن به شرکت تحمیل شد.
حفظ شرکت در این وضعیت بحرانی مستلزم علاقه و تلاش علیه شعارهای ضد‌سرمایه‌داری و فعالیت‌های سیاسی گروه‌های مختلف بود که محسن خلیلی این تلاش را عهده‌دار بود. دخالت غیر‌مسوولانه نیروهای بیرون و داخل شرکت به حدی بود که بسیاری از صاحبان صنایع امکان فعالیت در این دوره را غیر‌عملی می‌دانستند، در‌نتیجه کسب‌وکار خود را رها کردند و به خارج از کشور رفتند. این دخالت‌‌‌‌‌ها و فشارها بر بسیاری از شرکت‌ها تا سال۱۳۶۸ همچنان اعمال می‌شد؛ گرچه از سال۱۳۶۴ از قدرت و شتاب آن کاسته شده‌بود.
در همین حال محدودیت‌های ارزی، خروج نیروی انسانی ماهر، عدم‌همکاری شرکت‌های بزرگ صاحب تکنولوژی خارجی و تحریم ایران از سوی اروپا و آمریکا همچنان بر شرکت‌های صنعتی تاثیرگذار بود. گروه بوتان با وجود همه این محدودیت‌ها، بر فعالیت خود در زمینه توسعه شرکت افزود. در ۱۰سال منتهی به ۱۳۶۸ چندین شرکت تازه به مجموعه بوتان اضافه شد که عبارت بودند از: شرکت سرویس گاز که سال۱۳۵۸ به‌منظور تولید و فروش انواع سیلندر، مخازن گاز، روشنایی رگولاتور و سیلندر خودرو تاسیس شد و با ایجاد آن سرمایه شرکت به پنج‌میلیارد ریال افزایش یافت. این شرکت، دو واحد در تهران و بم داشت، شرکت تولیدی صنعتی بهسا شرکت آلیاژدار که در سال۱۳۵۹ تاسیس شدند. چینی کُرد و شرکت زمرد سام و بوتان گاز کرمان و ارومیه شرکت‌های دیگر بودند. روند توسعه شرکت در دو دهه‌پس از جنگ نیز ادامه یافت و شرکت‌هایی مثل گسترش صادرات کالای صنایع، تحقیقات صنایع خانگی و شرکت سخت آژند، بوتان ران، سرمایه‌گذاری قشم و کامل پیوند، شرکت کاشی کرد، آوین کرد، شرکت بیتا و موسسه نیکوکاری بخشی از ۳۵شرکت وابسته به بوتان بودند که تا سال۱۳۷۹ در حوزه تولید، سرمایه‌گذاری، آموزش، تحقیقات بازرگانی و خدمات فعالیت می‌کردند.
شرکت بوتان ران با سرمایه ۱۰میلیارد ریالی و با استفاده از ناوگان اختصاصی خود به صدور و توزیع گاز مایع در خارج از کشور پرداخت. حمل محموله‌های ترانزیت به کشورهای همسایه، حمل صادرات مواد رنگی از اراک و اصفهان به عراق و افغانستان، حمل گاز مایع و پتروشیمی در داخل کشور و احداث ترمینال در مسیر جاده قم، بخشی از فعالیت‌های این شرکت است. بوتان ران امکانات واگنی حمل گاز را نیز در اختیار دارد. شرکت توسعه انرژی آسیا در سال۱۳۸۴ با سرمایه دو‌میلیارد‌ریال تاسیس شد؛ هدف از تاسیس آن خرید و فروش گاز و مشتقات نفتی از آسیای‌میانه بود. شرکت صنعتی بوتان به‌منظور استفاده از معافیت مالیاتی ۱۰ساله و تحول در تولید محصولات در تابستان ۱۳۸۱ واحدهای تولیدی خود را از تپه سفید به شهرک صنعتی کاوه در ساوه انتقال داد، پس از نیم‌قرن، تولید‌کنندگان لوازم‌خانگی و انجمن توزیع‌کنندگان گاز مایع بیش از ۹۰درصد نیازمندی کشور را در زمینه لوازم گازسوز و ظروف تحت‌فشار در داخل کشور تامین می‌کنند.
شرکت بوتان در ۵۵ سال‌دامنه فعالیت‌های خود را گسترش داده‌است. این فعالیت‌ها عبارتند از: از حمل‌ونقل و توزیع گاز مایع و فرآورده‌های پتروشیمی، طراحی، تولید و نصب ایستگاه‌های پرکنی گاز مایع، تانک‌های ذخیره سازی، کارخانه‌‌‌‌‌های تولید سیلندر، آبگرمکن رادیاتور، شوفاژ دیواری، کولر گازی، انواع مایکروفر، اتصالات گاز مایع، تولید چینی بهداشتی، جارو برقی و بیش از ۲۵۰مدل لوازم‌خانگی (طی ۴۵ سال‌تولید صنعتی)، فعالیت‌های ساختمانی مثل توسعه صنایع ساختمانی بهار (تاسیس ۱۳۸۲)، حمل‌ونقل بین‌المللی مثل بوتان اینترنشنال در ترکمنستان (۱۳۸۲)، فعالیت در انواع لیزینگ (لیزینگ شید و خرید و فروش سهام شرکت اندوخته فردا.) بخش بزرگی از فعالیت‌های بوتان در این سال‌ها صرف تنوع‌بخشی به‌کار اقتصادی؛ متناسب با تقاضای بازار و گسترش ظرفیت شرکت بود. در سال‌های اخیر، برخی کالاها از مجموعه تولیدات شرکت حذف و برخی مثل جارو، کولر گازی و مایکروفر به مجموعه تولیدات اضافه شد. گروه بوتان در سال۱۳۸۴ به فعالیت‌های خود سازماندهی تازه‌‌‌‌‌ای داد؛ هدف از این اقدام تغییر نقش بوتان، از یک واحد پشتیبانی صرف به یک واحد راهبردی مادر بود، همچنین برخی قسمت‌‌‌‌‌ها به‌صورت مستقل و درآمدزا شروع به سازماندهی کردند تا امکان ارزیابی، درآمدزایی و توسعه فعالیت وجود داشته‌باشد.
