سود سپرده‌های حج و عمره از جمله مسائل غیرشفافی بود که حتی در مقطعی مسؤولان سازمان حج و زیارت را به اعتراض برانگیخت و بر آن داشت تا سود این سپرده‌ها تا حدی واقعی شود.
پیش از آنکه تلاش‌هایی برای متناسب‌سازی سود سپرده‌های حج و عمره انجام شود، بانک‌ها، سپرده‌های حج و عمره را با وجود آنکه برخی از این سپرده‌ها از جمله حج تمتع بیش از ۱۰ سال نزدشان بود، «بلندمدت» به‌شمار نمی‌آوردند و سودی در حد ۶ درصد برای آن محاسبه می‌کردند.
در سال ۱۳۹۰، که آخرین دور از ثبت‌نام‌های عمره انجام شد، علی لیالی ـ رئیس وقت سازمان حج و زیارت ـ در توضیحی درباره میزان سود درنظر گرفته‌شده برای سپرده‌های عمره گفته بود: «براساس تفاهم‌های صورت‌گرفته با بانک، قرار شده است سود این سپرده‌ها (عمره) ۱۰ درصد محاسبه شود»، اما چند ماه پس از آن اظهارنظر، رییس شورای هماهنگی مدیران عامل بانک‌ها در یک جلسه رسمی اعلام کرد که «براساس قراردادهای قبلی، سود این سپرده‌ها ۶ درصد است.» بانک‌های عاملِ ثبت‌نام عمره نیز تایید کردند که سپرده‌های عمره را «کوتاه‌مدت» درنظر گرفته‌اند.
مدتی بعد، اما بانک ملی که یکی از دو بانک عامل ثبت‌نام عمره بود در پاسخ به اعتراض‌هایی که نسبت به سود پایین سپرده‌های عمره شده بود، در اطلاعیه‌ای (در سال ۱۳۹۰) اعلام کرد: «بانک ملی ایران براساس قوانین و ضوابط بانک مرکزی برای تمام سپرده‌گذاران عمره مفرده در زمان ودیعه‌گذاری، سپرده «بلندمدت» پنج‌ساله با نرخ رسمی زمان قرارداد به میزان ۱۵ درصد سود علی‌الحساب افتتاح کرده است. در عین حال، بانک ملی ایران براساس ضوابط بانک مرکزی به‌منظور واریز سود علی‌الحساب سپرده مذکور برای ودیعه‌گذاران، سپرده‌گذاری کوتاه‌مدت نیز افتتاح کرده است که به این سپرده نیز سود علی‌الحساب کوتاه‌مدت تعلق می‌گیرد.»
در سال ۹۱، پس از اعتراض‌های ادامه‌دار به سود نامتناسب سپرده‌های عمره که متغیر از ۶ تا ۱۲ درصد محاسبه می‌شد، حجت‌الاسلام والمسلمین سیداحمد موسوی، که در آن دوره ریاست سازمان حج و زیارت را به عهده داشت، گفته بود: «بعضی از مردم تصور می‌کنند این پول‌ها در اختیار سازمان حج و زیارت است، در حالی که این پول‌ها در اختیار بانک‌های عامل (ملی و ملت) است و سازمان حج و زیارت با این پول‌ها کاری ندارد و سود این پول‌ها براساس آخرین بخشنامه بانک مرکزی مشخص شده است.»
در سال ۱۳۹۳ مذاکرات دیگری بین سازمان حج و زیارت و بانک مرکزی برای متناسب‌سازی سود سپرده‌های حج و عمره صورت گرفت. سعید اوحدی که در آن مقطع زمانی ریاست سازمان حج و زیارت را به عهده داشت، پس از آن مذاکره به رسانه‌ها گفته بود: «در حال حاضر سود سپرده‌های حج و عمره، ۲۰ درصد است، اما تلاش می‌شود سود این سپرده‌ها مطابق با سپرده‌های بلندمدت شود.» در آن زمان سود سپرده‌های بلندمدت که پنج‌ساله بودند، ۲۷ درصد محاسبه می‌شد.»
سعید اوحدی همچنین اشاره‌ای به شکل ثبت‌نام عمره که در سال ۱۳۹۰ انجام شد، داشته و گفته بود: «در آن سال، تعهد سنگینی بر دوش دولت و سازمان حج و زیارت گذاشته شد.»
شکل ثبت‌نام عمره که سود آن حجم از سپرده را چالش‌برانگیز کرده بود، حتی اعتراض نماینده وقت ولی فقیه در امور حج و زیارت را برانگیخته بود. حجت‌الاسلام والمسلمین سیدعلی قاضی‌عسکر سه سال پس از پایان ثبت‌نام عمره در سخنانی افشاگرانه که در رسانه‌ها نیز منتشر شد، از مسئولان قبلی خواست تا درباره موضوع «ثبت‌نام‌های فله‌ای» عمره و حج در سال ۱۳۹۰ پاسخگو باشند.
او اظهار کرده بود: «حرکتی در گذشته صورت گرفت که به هیچ‌وجه آن را قبول نداشتیم، چون همیشه نظام ما از عدالت دم زده است. آن زمان، این پیشنهاد مطرح بود که ثبت‌نام‌ها برای حج و عمره هر سه سال یک‌بار انجام شود، اما توجهی به این امر نشد. دلیل این پیشنهاد آن بود که جلو افرادی که مکرر به حج و عمره می‌رفتند، گرفته شود. علاوه بر این، راهی باز شود تا امتیازاتی به افرادی که مشکل دارند، مانند بیماران خاص که امید به زندگی ندارند، بدهیم، ولی متأسفانه آن زمان چون دنبال نقدینگی بودند، ثبت‌نام‌ها را به آن شکل انجام دادند.»
نماینده وقت ولی فقیه در امور حج و زیارت همچنین گفته بود: «این رفتارها بد است که مسائل دیگر را در حج اعمال کنیم. اصلا چه ضرورتی داشت که از مردم ۸۰۰ هزار تومان سپرده بگیریم، می‌توانستیم طبق روال سابق، رقم کمتری را بگیریم. ما می‌توانستیم شرایط را مدیریت کنیم، اما نگذاشتند. ۶ میلیون نفر ثبت‌نام کردند، ۲ میلیون نفر هم از قبل در نوبت عمره بودند و این‌طور شد که ۸ میلیون نفر منتظر نوبت سفر عمره ماندند. آن زمان، تصمیم‌های عده‌ای ما را بر آن داشت تا حرکت‌های انفعالی انجام دهیم، ولی چون مقصر نبودیم، خودمان را ملامت نمی‌کنیم، اما آن‌هایی که این تصمیم را گرفتند باید پاسخگو باشند.»
آن زمان واکنش دیگری نشان داده نشد و کشمکش‌ها و اعتراض‌ها هم با توقف اعزام‌های عمره و از سال ۱۳۹۴ فروکش کرد، تا امسال که قرار شد عمره از سرگرفته شود و جمعیتی برای ثبت‌نام اقدام کنند، وقتی هزینه ثبت‌نام عمره ۱۰ روزه، مبلغی بین ۴۰ تا ۴۴ میلیون تومان اعلام شد، سپرده متقاضیان که به حدود ۳ میلیون تومان رسیده بود، ماجرای سود پایین و نامتناسب سپرده‌های عمره را دوباره مطرح کرد، که پاسخ سیدعباس حسینی، رئیس کنونی سازمان حج و زیارت این بود: «سود مشارکت سپرده عمره مطابق عقود اسلامی، که سود بلندمدت بوده، محاسبه شده است. سود سپرده حج تمتع نیز مانند عمره محاسبه می‌شود و تصمیم درباره آن در شورای پول و اعتبار گرفته می‌شود.»
حسینی این اظهارات را در تلویزیون مطرح کرد و گفت: «سود سپرده عمره براساس عقود اسلامی از ۱۷ و ۱۹ درصد بوده است.»
رئیس سازمان حج و زیارت همچنین تاکید کرد: «وجوه عمره و حج در بانک سپرده‌گذاری شده است و سازمان حج و زیارت هیچ دخل و تصرفی در وجوه زائران ندارد. درباره اختلاف قیمت سپرده و ثبت‌نام، اگر غیر از حج و عمره، پولمان را نزد بانک سپرده گذاشته بودیم، باز هم این وضعیت را داشت.»
سازمان حج و زیارت، مسئولیت وضعیت سپرده‌های عمره را متوجه نظام بانکی دانسته اما این بخش با وجود اعتراض‌ها، فعلا سکوت اختیار کرده است. ایسنا در این‌باره آماده دریافت جزئیات و پاسخ مربوط درباره سود سپرده‌های عمره وحج و تدابیر احتمالی آنها برای متناسب‌سازی این سپرده‌هاست.
