ناوالنی پس از گذراندن دوره درمان مسمومیتش در کشور آلمان ۱۷ ژانویه ۲۰۲۱ به روسیه بازگشت و در فرودگاه دستگیر شد و به اتهام اختلاس به سه سال و نیم زندان محکوم شد، او در دادگاه پرونده اختلاس علیه خود را نادرست خواند و اتهامات را رد کرد.
الکسی ناوالنی ۴۷ ساله که دشمن شماره یک ولادیمیر پوتین ، رئیس جمهوری روسیه محسوب می‌شد در حال گذراندن حکم ۱۹ سال زندان به اتهام داشتن یک بنیاد ضدفساد بود که دستگاه قضایی روسیه آن را یک «سازمان افراطی» خوانده و فعالیتش را غیرقانونی اعلام کرده است.
عمده فعالیت‌های سیاسی اجتماعی او از سال ۲۰۰۹ آغاز شد. در سال ۲۰۱۰ در یک رای‌گیری اینترنتی که برای نامزدی شهرداری مسکو انجام شد وی توانست ۴۵ درصد آراء را به خود اختصاص دهد. در نوامبر ۲۰۱۰ گزارشی را در بلاگ خود که بنام «ژورنال زنده» نام دارد منتشر کرد و طی آن مدعی شد که رؤسای شرکت ترانس‌نفت مبلغ ۴ میلیارد دلار در جریان احداث خط لوله شرق سیبری دزدیده‌اند.
در دسامبر ۲۰۱۱ و در ماه‌های فوریه و مارس ۲۰۱۲ او به همراه دیگر رهبران معترض، تظاهرات وسیعی در شهر مسکو علیه روند انتخابات و نامزدی پوتین در این انتخابات براه انداخت. او همچنین همکار نزدیک پوتین یعنی ایگور شوالوف را متهم کرد که از شرکت‌های متعلق به رومن آبراموویچ و آلیشر عثمانف مبلغ ده‌ها میلیون دلار دریافت کرده است. پس از انتخاب پوتین مجدداً تظاهرات وسیعی را در میدان پوشکین به همراه دیگر ناراضیان برگزار کردند که باعث دستگیری و زندانی شدنش بمدت ۱۵ روز گردید. سازمان عفو بین‌الملل او را «زندانی برای ابراز عقیده» نام‌گذاری کرد.
در ژولای ۲۰۱۳ برای انتخاب شهردار مسکو نامزد گردید، ولی در مراسمی که در جلوی کاخ کرملین برگزار کرده بود دستگیر و سپس آزاد گردید و رادیو و تلویزیون از تبلیغ او جلوگیری کرد. در این رای‌گیری حدود ۲۷ درصد آراء را کسب کرد و شهردار مسکو که از طرفداران پوتین بود حدود ۵۱ درصد آراء را بدست آورد. در آوریل ۲۰۱۴ دادگاهی در مسکو او را به اتهام اختلاس از یک شرکت سازنده وسائل آرایشی محاکمه و به حبس خانگی محکوم کرد تا در جریان محاکمه مسکو را ترک نکند. گفته می‌شود ممکنست دادگاه او را به ۸ سال زندان و پرداخت جریمه نقدی محکوم کند.
دادستان مسکو در ۱۹ دسامبر ۲۰۱۴ درخواست ده سال حبس یرای وی نمود، ولی او خود را در ارتباط با اختلاس بی‌گناه دانست. روز سه شنبه ۳۰ دسامبر ۲۰۱۴ هزاران نفر در مسکو علیه رای دادگاه دست به تظاهرات زدند. ناوالنی درحالی که حصر خانگی را نادیده گرفته و قصد الحاق به تظاهر کنندگان را داشت توسط پلیس دستگیر گردید.
روز پنج‌شنبه ۲۰ اوت ۲۰۲۰ به دلیل بدحالی ناشی از «مسمومیت احتمالی» به بخش اورژانس بیمارستان بالینی منتقل شد و به حالت اغما رفت. وی سپس در ۲۱ اوت با هواپیما از امسک به آلمان منتقل شد تا تحت مداوا قرار گیرد، وضعیت او در هواپیما به‌طور ناگهانی متشنج شد، و فیلم‌های ویدئویی نشان می‌دهند که خدمه در هنگام پرواز به سمت ناوالنی می‌آیند و او با صدای بلند ناله می‌کند. الکس ناوالنی پس مسمومیت در روسیه و انتقال به بیمارستانی در آلمان در ۱۸ ژانویه ۲۰۲۱ به کشورش بازگشت و در بازرسی گذرنامه در فرودگاه بازداشت شده‌است، مقام‌های زندان فدرال روسیه بازداشت آقای ناوالنی را تأیید کرده‌اند.
یورونیوز در همین رابطه نوشت: ناوالنی در ژانویه ۲۰۲۱ میلادی به محض بازگشت از آلمان به روسیه دستگیر شد. او در سپتامبر سال ۲۰۲۰ میلادی هنگام سفر از سیبری به سمت مسکو، در داخل هواپیما به کما رفت و در نهایت برای درمان به آلمان منتقل شد. آزمایش‌های انجام شده در بیمارستان آلمان نشان داد که او به سم اعصاب نوویچوک مسموم شده است. منتقدان حکومت ولادیمیر پوتین بر این باورند که مسمومیت او به دستور رئیس‌‍جمهوری روسیه انجام شده است؛ با این وجود کرملین هرگونه نقش داشتن در این ماجرا را رد می‌کند.
آقای ناوالنی تا قبل از انتقال به منطقه «خارپ» در اوایل دسامبر امسال، در زندانی در حدود ۲۵۰ کیلومتری شرق مسکو نگهداری می‌شد. کیرا یارمیچ، سخنگوی آقای ناوالنی نیز در شبکه «ایکس» انتقال او به «خارپ» را تایید کرد و نوشت: «ما ناوالنی را پیدا کردیم. او در شهر خارپ است. وکیلش روز دوشنبه با او ملاقات کرده است». ایوان ژدانوف، یکی از نزدیکان ناوالنی نیز در شبکه‌های اجتماعی، شهر خارپ را «یکی از شمالی‌ترین و دورافتاده‌ترین سکونتگاه‌های روسیه» توصیف کرده که «شرایط زندگی در آنجا سخت و دسترسی به آنجا بسیار دشوار است». او افزوده است که در آن منطقه، هیچ سیستمی برای ارتباط با آقای ناوالنی «حتی دسترسی تلفنی» وجود ندارد. وی همچنین نوشت: «مقامات می‌خواهند الکسی را به‌ویژه قبل از انتخابات ریاست‌جمهوری [که برای مارس ۲۰۲۴ برنامه‌ریزی شده]منزوی کنند».
آلکسی ناوالنی در روز چهارشنبه ۳۱ مارس ۲۰۲۱ اعلام کرد که در اعتراض به «شکنجه» و «عدم رسیدگی» به مشکلات جسمی اش اعتصاب غذا می‌کند. وی در روز جمعه ۲۳ آوریل ۲۰۲۱ (سه اردیبهشت ۱۴۰۰) گفت که پس از دریافت مراقبت‌های پزشکی و اخطار پزشکانش، به اعتصاب غذای خود پس از ۲۴ روز پایان می‌دهد چرا که ادامه این اعتصاب می‌تواند جانش را به خطر اندازد.
زندانی در منطقه یامالو-نِنِتس روسیه، جایی که الکسی ناوالنی، رهبر اپوزیسیون و مخالف سرسخت ولادیمیر پوتین، رئیس جمهوری، در آن دوران محکومیت خود را سپری می‌کرد، روز جمعه ۱۶ فوریه از مرگ او خبر داد.
در بیانیه‌ای که منتشر شده آمده است: ناوالنی پس از پیاده‌روی در روز جمعه «احساس ناخوشی» کرد و «تقریبا بلافاصله از هوش رفت». در بیانیه همچنین آمده است که کادر پزشکی بلافاصله بر بالین آقای ناوالنی حاضر شده، اما نتوانسته‌اند او را احیا کنند.
