یکی از مشکلات استقلال در راه دریافت مجوز حرفه ای، بحث مربوط به شکایت سانتاکلارا از این تیم بود. در جریان پروسه انتقال محبی به جمع آبی ها، اقدامات عجیبی از سوی مدیریت وقت استقلال رخ داد که منجر به صدور رأی سنگینی علیه این باشگاه شد.
در جریان انتقال قرضی محمد محبی و در تفاهم نامه میان طرفین آمده بود که استقلال باید مبلغی را بابت رضایت نامه این بازیکن پرداخت کند ضمن اینکه بند 600 هزار یورویی برای دائمی کردن این قرارداد درج شده بود که به دلیل عدم انجام تعهدات از سوی آبی ها، این قرارداد دائمی نشد.
در زمان مدیریت علی فتح‌الله‌زاده بود که مبلغ واریزی باشگاه استقلال به صورت ناقص به حساب سانتاکلارا نشست و از 230 هزار یورو ارسالی، 90 هزار یورو به دست باشگاه پرتغالی رسید و هنوز تکلیف 140 هزار یورو دیگر نامشخص است.
در قرارداد محبی، یک بند خسارت 600 هزار یورویی بود که پس از شکایت سانتاکلارا، فیفا آن بند را قبول نکرده بود. باشگاه سانتاکلارا به رأی فیفا اعتراض کرد که پرونده به دادگاه CAS رفت.
رأی دادگاه CAS چندی بعد صادر شد که 350 هزار یورو از آن 600 هزار یورو مورد قبول دادگاه عالی ورزش قرار گرفت. اتفاقا در رأی آمده چون فیش جعلی از سوی استقلال به سانتاکلارا ارسال شده، در رأی دادگاه عالی ورزش تأثیر داشته و آنها مبلغ 350 هزار یورو را قبول کرده است.
در نتیجه استقلال حدود 500 هزار یورو در این پرونده محکوم شد که مدیریت این باشگاه مکاتباتی را با فیفا در این مورد انجام داده تا بخشی از این بدهی (350 هزار دلار) از محل مطالبات استقلال در این نهاد پرداخت شود. استقلال مجوز این موضوع را از فیفا دریافت کرده است. مبلغ باقی‌مانده به همراه جریمه‌ی دیرکرد را نیز باشگاه پرداخت خواهد کرد.
