نهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری با حضور ۸ نامزد در دو مرحله برگزار شد. وزیر کشور در این مقطع موسوی لاری و مجتبی رشاد رئیس ستاد انتخابات کشور بود.
در این انتخابات آخرین پایگاه جریان اصلاحات یعنی ریاست‌جمهوری هم پس از مجلس هفتم و شورای شهر دوم تهران از اختیار این جریان خارج شد و اصولگرایان به پاستور راه یافتند. در بین تشکل‌های اصولگرا، جمعیت آبادگران با حمایت از احمدینژاد در بین سایر نامزدهای اصولگرا بر سر زبان‌ها افتاد.
جبهه مشارکت و سازمان مجاهدین از معین، موتلفه، جامعه اسلامی کارمندان، جامعه اسلامی مهندسین و جبهه پیروان خط امام و رهبری از لاریجانی، مجمع نیروهای خط امام و مردم‌سالاری از کروبی، اعتدال و توسعه و کارگزاران سازندگی و جمعی از اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از هاشمی و جمعیت ایثارگران انقلاب اسلامی از قالیباف حمایت کردند.
مصطفی معین وزیر علوم ( ۱۳۸۲-۱۳۸۰) و محسن مهرعلیزاده رئیس سازمان تربیت بدنی از دولت مستقر در بین کاندیداها حضور داشتند. تعدد نامزدهای هر دو جریان موجب شکسته شدن آرا و کشیده شدن انتخابات به دور دوم شد.
اکبر هاشمی رفسنجانی و محمود احمدینژاد به دور دوم رفتند و احمدینژاد توانست پیروز این انتخابات شود. هاشمی رفسنجانی پس از ناکامی در انتخابات مجلس ششم، در این انتخابات هم شکست خورد.
احمدی نژاد با شعار عدالت‌طلبی و توجه به اقشار پایین جامعه و مبارزه با فساد و اشرافی‌گری توانست از سایر نامزدهای اصولگرایان خود را متمایز کند. اصلاح طلبان هم درگیر حواشی تعدد نامزدها و اختلاف های داخلی خود بودند. تعدد نامزدها موجب شکسته شدن آرا شد و انتخابات را به مرحله دوم کشاند.
ثبت نام از داوطلبان این انتخابات از روز ۲۰ تا ۲۴ خرداد انجام شد و در آن پنج روز، ۱۰۱۴ نفر ثبت نام کردند. از این تعداد ۹۲۱ نفر مرد و ۹۳ نفر زن بودند.
شورای نگهبان در روز اول خرداد صلاحیت محمود احمدینژاد، علی اردشیر لاریجانی، محسن رضایی میرقائد، محمدباقر قالیباف، مهدی کروبی و اکبر هاشمی‌بهرمانی را تایید کرد، اما تایید صلاحیت نشدن مصطفی معین و محسن مهرعلیزاده موجب واکنش‌های منفی مختلفی در جامعه و فعالان سیاسی شد.
غلامعلی حدادعادل رئیس وقت مجلس شورای اسلامی هم به عملکرد شورای نگهبان واکنش نشان داد و در نامه‌ای خطاب به مقام معظم رهبری خواستار تجدیدنظر شورای نگهبان در بررسی صلاحیت کاندیداهای انتخابات ریاست جمهوری شد. در نامه رئیس مجلس شورای اسلامی آمده است که «چنانکه تجدیدنظر در این امر را به مصلحت و مایه تقویت مشارکت عمومی بیشتر - که مخصوصاً مورد عنایت حضرتعالی در انتخابات ریاست جمهوری بوده - می‌دانید، شورای محترم نگهبان را به توسیع دایره نامزدهای واجد صلاحیت دلالت فرمائید . »
در ادامه هم رهبر انقلاب در نامه‌ای به آیت الله جنتی خواستار تجدیدنظر در بررسی صلاحیت مصطفی معین و محسن مهرعلیزاده شد.
در نامه ایشان به تاریخ دوم خرداد سال ۸۴ آمده است:
«آیت اللَّه جناب آقای جنتی دبیر محترم شورای نگهبان دامت برکاته
با سلام و تحیت و تشکر از زحمات آن شورای محترم در تلاش برای احراز صلاحیت داوطلبان ریاست جمهوری دوره‌ی نهم، با رعایت موازین قانونی در این امر، از آنجا که مطلوب آن است که همه افراد کشور از صاحبان سلائق گوناگون سیاسی فرصت و مجال حضور در آزمایش بزرگ انتخابات را بیابند، لذا به نظر می‌رسد نسبت به اعلام صلاحیت آقایان دکتر مصطفی معین و مهندس مهرعلیزاده تجدید نظر صورت گیرد.»
پس از نامه رهبر انقلاب، شورای نگهبان جلسه فوق العاده‌ای برگزار کرد و صلاحیت معین و مهرعلیزاده را تایید کرد. آیت الله جنتی دبیر شورای نگهبان پس از تایید صلاحیت این دو نفر، در نامه‌ای به رهبر انقلاب نوشت:
«بسمه تعالی
محضر مبارک مقام معظم رهبری حضرت آیت الله خامنه‌ای (ادام‌الله ظله‌العالی)
با سلام و تحیت
از اظهار لطف و عنایت حضرتعالی در تایید عملکرد این شورا در خصوص بررسی و احراز صلاحیت داوطلبان ریاست جمهوری با رعایت موازین قانونی تشکر می‌گردد.
شورای نگهبان ضمن تقید به ضوابط و قوانین و مقررات، معتقد و پایبند به اصل مترقی شرعی و قانونی ولایت فقیه بوده و در امر انتخابات نیز این سیرت و سنت را مراعات کرده است.
در این دوره هم بر اساس ضوابط قانونی با بحث‌های مفصل و مراجعه به سوابق و اسناد و مدارک و انجام کارشناسی‌های لازم به همین منوال عمل و نتیجه اعلام گردید.
پس از وصول نامه جنابعالی جلسه فوق‌العاده شورای نگهبان جهت تجدیدنظر تشکیل گردید و از آنجا که حضرتعالی مطلوب را آن دانسته‌اید که همه افراد کشور از صاحبان سلایق گوناگون سیاسی فرصت و مجال حضور در آزمایش بزرگ انتخاب را بیابند، در امتثال نظر ولایی آن مقام شریف صلاحیت آقایان مصطفی معین و محسن مهرعلیزاده اعلام می‌گردد.
امید است خداوند وجود مبارک حضرتعالی را مستدام و ما را در انجام وظایف قانونی و شرعی خویش موفق بدارد.
احمد جنتی
دبیر شورای نگهبان»
تبلیغات داوطلبان تا ۲۶ خرداد انجام شد و محسن رضایی در آخرین روز تبلیغات، انصرف داد و این انتخابات با رقابت هفت نامزد نهایی برگزار شد.
این انتخابات در روز ۲۷ خرداد در ۴۱ هزار و ۷۱ شعبه ثبت‌نام و اخذ رای در سراسر کشور و ۲۵۴ شعبه در خارج از کشور برگزار شد.
تعداد واجدان شرایط رأی دادن ۴۶ میلیون و ۷۸۶ هزار و ۴۱۸ نفر بود که ۲۹ میلیون و ۳۶۲ هزار و ۸۶۱ نفر (نزدیک به ۶۳ درصد واجدان شرایط) آرای خود را به صندوق‌ها ریختند.
پس از شمارش آرا مشخص شد که هیچ یک از داوطلبان نتوانستند نصف به علاوه یک آرا را کسب کنند و انتخابات به مرحله دوم رفت.
تعداد و درصد آرای نامزدها به شرح زیر است:
۱- هاشمی رفسنجانی: ۶ میلیون و ۱۵۹ هزار و ۴۵۳ رای
۲ - احمدینژاد: ۵ میلیون و ۷۱۰ هزار و ۳۵۴ رای
۳ – کروبی: ۵ میلیون و ۶۶ هزار و ۳۱۶ رای
۴ – قالیباف: ۴ میلیون و ۷۵ هزار و ۱۸۹ رای
۵ – معین: ۴ میلیون و ۵۴ هزار و ۳۰۴ رای
۶ – لاریجانی: ۱ میلیون و ۷۴۰ هزار و ۱۶۳ رای
۷ – مهرعلیزاده: ۱ میلیون و۲۸۹ هزار و۳۲۳ رای
انتخاب احمدی نژاد
در مرحله دوم انتخابات که سوم تیرماه ۱۳۸۴ برگزار شد، محمود احمدینژاد با کسب حدود ۱۷ میلیون و ۲۴۸ هزار و ۷۸۲ رای به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد. هاشمی هم ۱۰ میلیون و ۴۶ هزار و ۷۰۱ رأی را کسب کرد.
