مسعود پزشکیان که تا یک ماه پیش تنها به عنوان نماینده مجلس شناخته می‌شد و قدیمی‌ترها دوران وزارت او را در دولت اصلاحات به یاد داشتند، به یک‌باره به منتخب مردم برای جایگاه ریاست‌جمهوری تبدیل شد. بسیاری سابقه و کارنامه به دور از حواشی سیاسی و اقتصادی و اخلاقی را برگ برنده‌اش خواندند، برخی لحن او را در مناظرات با صداقت دانستند و عده‌ای دیگر حمایت اصلاح‌طلبان را در پیروزی او موثر خواندند. تردید نیست که همه این موارد در پازل پیروزی پزشکیان موثر است اما مرور زندگی سیاسی و فعالیت‌های او در سال‌های گذشته و موضع‌گیری‌هایش در برهه‌های خاص و رخدادهای مهم نشان می‌دهد بیش از هر چیری این صدای بی‌صدایان بودن پزشکیان است که او را منتخب ملت کرده، نماینده‌ای که برخی از او به عنوان وجدان بیدار بهارستان یاد می‌کردند و صراحت لهجه‌اش در نقد ساختارهای قدرت همواره رسانه‌ها را به سمت او جذب می‌کرد.
پزشکیان متولد ماه مهر است، سال ۱۳۳۳. از پدری ترک آذری و مادری کرد. تحصیلات ابتدایی خود را در زادگاهش مهاباد طی کرد و سپس به ارومیه رفت و در هنرستان کشاورزی ارومیه، دیپلم صنایع غذایی گرفت. پس از اخذ دیپلم، در سال ۱۳۵۲ جهت انجام خدمت سربازی به شهر زابل در استان سیستان و بلوچستان منتقل شد و در همین دوره بود که به پزشکی علاقه پیدا کرد و در نتیجه در سال ۱۳۵۴ و پس از اتمام خدمت سربازی، دیپلم دوم خود را در رشته علوم تجربی اخذ کرد و در سال ۱۳۵۵ در رشته پزشکی دانشگاه علوم پزشکی تبریز پذیرفته شد؛ رشته و دانشگاهی که سرنوشت زندگی شخصی و سیاسی‌اش را رقم زد.
او دوره پزشکی عمومی خود را در سال ۱۳۶۴ به پایان رساند و در سمت مربی فیزیولوژی شروع به تدریس در دانشکده پزشکی نمود. در سال ۱۳۶۹ تخصص خود در رشته جراحی عمومی را از دانشگاه علوم پزشکی تبریز اخذ کرد و سپس در سال ۱۳۷۲ فوق‌تخصص جراحی قلب را از دانشگاه علوم پزشکی ایران دریافت نمود و در بیمارستان قلب شهید مدنی تبریز استخدام شد که بعدها رییس این بیمارستان شد.
پزشکیان استاد جراحی قلب و عروق دانشگاه علوم پزشکی تبریز شد و طی سال‌های ۱۳۷۳ تا ۱۳۷۹، ریاست این دانشگاه را عهده‌دار بود. او از سال ۱۳۸۹ عضو فرهنگستان علوم پزشکی ایران است.
در دوران جنگ ایران و عراق، مسوول اعزام اکیپ‌های پزشکی به جبهه‌ها بود و همزمان به عنوان رزمنده و پزشک خدمت می‌کرد. همان دوران و البته قبل از آن بود که نام پزشکیان را با نام مهدی باکری پیوند زد. او در گفت‌وگویی با صداوسیما نیز روایت کرده است که «یکی از همکلاسی‌های دانشگاه من که هم خیلی رفیق و بچه محل بودیم فرمانده لشکر ۳۱ عاشورا آقا مهدی باکری بود».
نام پزشکیان و مهدی باکری البته در انتخابات ریاست‌جمهوری اخیر دوباره بر سرزبان‌ها افتاد. وقتی پزشکیان به عنوان نماد باکری در این رقابت حاضر شد و سعید جلیلی به عنوان نماد صادق محصولی. این درگیری صادق محصولی با باکری‌ها به خصوص برادر کوچک‌تر- حمید باکری- در دوران جنگ بود که شمایل و نماد دو تفکر از دهه ۶۰ تا امروز شد.
میثم کریمی فرزند شهید کریمی نیز در ایام رقابت‌ها با انتشار توییتی خبر حمایت فرزندان شهیدان تندگویان، جهان‌آرا، بروجردی، باکری از مسعود پزشکیان را داد. او در این توییت نوشت: همراه برادرانم محمد مهدی تندگویان، سید حمزه جهان آرا، حسین بروجردی، احسان باکری به مسعودپزشکیان رای می‌دهم وان‌شاالله این رای به نیابت از شهیدان محمد جواد تندگویان، سید محمد جهان آرا، محمد بروجردی، حمید باکری و داود کریمی باشد.
ازدواج مسعود پزشکیان در همان سال‌های انقلاب فرهنگی رخ داد. مسعود پزشکیان و همسرش در رشته پزشکی هم دانشگاهی بودند در دانشگاه آشنا و در نهایت ازدواج کردند. حاصل این ازدواج ۴ فرزند بود که اکنون سه نفر از آنها در قید حیات هستند. همسر پزشکیان در یک سانحه تصادف همراه با یکی از فرزندان کشته شدند و پس از آن مسعود پزشکیان هرگز ازدواج نکرده است.
پزشکیان در سال‌های اخیر در چند نوبت درباره این موضوع صحبت کرده و هربار حزن و بعضا بغض و گریه با او همراه شده است. او در مصاحبه با یادآوری این خاطره گریه می‌کند. او می‌گوید که پس از فوت همسرش ازدواج نکرده و خود نگهداری از فرزندانش را عهده‌دار شده است. در گفت‌وگوی دیگری گفت که همه زندگی و عشقش همسرش بوده و بعد از درگذشت او دیگر هیچ چیز حتی مقام و پست برای او در این زندگی ارزشی ندارد.
دو پسرش نیز در گفت‌وگوهایی تاکید کردند وقتی مادرشان زنده بوده هم پزشکیان آشپزی می‌کرده و کارهای خانه را انجام می‌داده است. پزشکیان و همسرش پزشک بوده‌اند و پس از ازدواج و با وجود داشتن چهار بچه در امتحانات تخصصی شرکت کرده‌اند. بر اساس گفته‌های پزشکیان او نفر دوم کشور شده و همسرش نفر اول؛ پزشکیان جراح عمومی شده و همسرش جراح زنان.
بهمن سال ۱۳۹۳ پزشکیان به همراه خانواده‌اش مهمان برنامه « فیروزه» بود، او در این برنامه درباره نحوه آشنایی با همسرش گفت: «با همسرم هم دانشگاهی و هر دو عضو انجمن اسلامی بودیم، آن زمان فقط دو نفر از دانشجویان دختر در دانشگاه چادری بودند و یکی از آنها همسرم بود. وقتی با انقلاب فرهنگی دانشگاه‌ها تعطیل شد، از او خواستگاری کردم و خیلی راحت و ساده با مهریه یک جلد قرآن مجید، یک جلد مفاتیح‌الجنان و یک شاخه نبات ازدواج کردیم و زندگی دانشجویی خود را ادامه دادیم. پزشکیان در این برنامه با اشاره به مرگ زودهنگام همسرش گفت: برای من که یک دختر و دو پسر داشتم، خیلی سخت بود ادامه زندگی پس از مرگ همسرم، اما به خاطر بچه‌ها تصمیم گرفتم تنها بمانم.
در ایام رقابت‌های انتخابات ریاست‌جمهوری نیز در کلیپی تاکید کرد که بعد از مرگ همسرش و پسر کوچکش ترجیح داده تا پای بچه هایش بماند.
زندگی سیاسی مسعود پزشکیان بعد از تشکیل کابینه دوم محمد خاتمی شروع شد. البته او در دولت نخست اصلاحات معاون وزیر بود اما کمتر در دید دوربین‌ها و رسانه‌ها قرار داشت.
گفته می‌شود که پیش از تشکیل کابینه دوم در میان اعضای دفتر تحکیم وحدت که آن زمان قوی‌ترین گروه دانشجویی در دانشگاه بود، زمزمه افتاد که برخی از اعضای این گروه یکی از معاونان وزارت بهداشت را برای تصدی وزارت مد نظر دارند که به لحاظ ظاهر و رفتار فردی شباهتی به وزرای فعلی ندارد و بیشتر شبیه وزرای کابینه میرحسین موسوی است، از جمله اینکه با کت و شلوار میانه‌ای ندارد و پیراهنش را روی شلوارش می‌اندازد.
در محافل سیاسی هم شنیده می‌شد که محمدرضا خاتمی مدافع جدی وزارت مسعود پزشکیان بود. در نهایت با رای اعتماد مجلس پزشکیان راهی دولت اصلاحات شد.
در ۲ تیر ۱۳۸۲ زهرا کاظمی، عکاس- خبرنگار ایرانی-کانادایی که در حال تهیه گزارش از تجمع خانواده‌های بازداشت‌شدگان ناآرامی خرداد ۱۳۸۲ تهران در برابر زندان اوین بود؛ بازداشت شد و پس از ۱۸ روز در زندان درگذشت. دادستانی وقت تهران، سعید مرتضوی تاکید می‌کرد که کاظمی بر اثر سکته در بازداشت درگذشته است.
پزشکیان به عنوان وزیر بهداشت اما دستور رسیدگی به این پرونده را داد و به عنوان وزیر بهداشت وقت، این نظر را که کاظمی خود مسبب این جراحت بوده، رد کرد. او گفت شکستگی جمجمه او نمی‌توانسته در اثر «برخورد تصادفی سر با شیء سخت ایجاد شده باشد.»
عبدالله رمضان‌زاده، سخنگوی دولت اصلاحات در سال‌های بعد در گفت‌وگویی با روزنامه شرق نقل کرد که «پزشکیان در جلسه دولت گفت مطمئن است مرگ کاظمی عمدی بوده و اگر کاظمی به‌موقع درمان می‌شد، زنده می‌ماند.» او خونریزی درون‌جمجمه‌ای را دلیل مرگ کاظمی دانست ولی گفت پیکر کاظمی را شخصا معاینه کرده و اثری از کبودی یا بریدگی روی صورت او ندیده است.
پزشکیان همچنین در پاسخ به درخواست کانادا برای بررسی دلیل مرگ کاظمی گفت ایران دانش کافی برای معاینه پیکر را دارد و اجازه تحقیق به تیم‌های خارجی را نمی‌دهد. در نهایت اما کمیته کارشناسی هیات تحقیق ریاست‌جمهوری در خصوص فوت زهرا کاظمی زیر نظر پزشکیان گزارشی تهیه کرد که بر اساس آن مرگ کاظمی «بر اثر ضربه به جمجمه و خونریزی حاصل از آن به وقوع پیوسته و این ضربه موجب ایجاد شکستگی خطی در جمجمه شده است.»
مجلس ششم مسعود پزشکیان را به دلیل مواردی چون انتصابات، مشکلات دارو، تعرفه‌های پزشکی و سفرهای خارجی استیضاح کرد. بهزاد نبوی، نایب‌رییس مجلس ششم و از چهره‌های برجسته سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی که کمتر در دفاع از وزرا سخن می‌گفت، در دفاع از پزشکیان به میدان آمد و گفت که بخشی از انتقادات استیضاح‌کنندگان مربوط به مسائلی است که در گذشته‌های وزارت بهداشت ریشه دارد و مربوط به دوره وزارت او نیست.
استیضاح پزشکیان همزمان با حمله گروه‌های فشار به خوابگاه دانشگاه علامه و ناآرامی‌ها در تهران بود.
بهزاد نبوی هم به این ناآرامی‌ها تلویحا اشاره‌ای کرد و گفت که مباحث مطرح شده در گفته‌های استیضاح‌کنندگان مسائل مهم کشور نبوده و برای دیدن مسائل مهم کشور، نمایندگان باید سر به کوچه و خیابان بزنند. درنهایت پزشکیان دوباره رای اعتماد گرفت. در دوره وزارت او همچنین تعدادی نمایندگان طرحی را برای واگذاری دانشگاه‌های علوم پزشکی به وزارت علوم پیگیری می‌کردند که در نهایت به نتیجه نرسید. او در دولت محمود احمدی‌نژاد سمتی نداشت و بعدها درمصاحبه‌ای با خبرگزاری رسمی مجلس به کنایه گفت تنها به ازای دو روز کار در هفته، طی ۴ سال دولت احمدی‌نژاد به اندازه ۳۰ سال گذشته درآمد داشته؛ به گونه‌ای که با آن هم خانه خریده، هم باغ و هم به اقوام خود کمک کرده است.
پزشکیان بعدها یکی از دلایل نامزد شدنش در انتخابات مجلس هشتم را هم همین موضوع اعلام کرد و گفت: «با این شرایط یک مقدار به من برخورد، برای اینکه باورم این بود که ما آفریده نشدیم برویم پول دربیاوریم و همین‌طور ولخرجی کنیم، ما تصور می‌کردیم علم و مهارت را برای حل مشکلات و گرفتاری‌های مردم می‌آموزیم.»
پزشکیان دو سال بعد از پایان دوران خاتمی، در انتخابات مجلس هشتم نامزد شد. او موفق شد با ۱۰۸ هزار و ۶۳۹ رای به عنوان تنها نماینده حوزه انتخابیه تبریز، آذرشهر و اسکو در همان دور اول راهی بهارستان شود و تکلیف ۵ نماینده دیگر این حوزه به دور دوم کشیده شد. در این دوره بر اساس اطلاعات مندرج در سایت مرکز پژوهش‌های مجلس، امضا کننده ۴۱ طرح و لایحه در این دوره بوده است. از جمله طرح‌هایی که امضای پزشکیان در مجلس هشتم پای آنها است می‌توان به طرح اصلاح قانون هدفمند کردن یارانه‌ها، طرح اصلاح تعطیلات رسمی و تغییر ساعت کار اداری، طرح نظارت مجلس بر امور نمایندگان، طرح تامین وسایل کمک توانبخشی مورد نیاز جانبازان و معلولان، طرح امر به معروف و نهی از منکر، طرح اختصاص یک درصد از درآمد حاصل از تولید نفت خام، گاز طبیعی، سنگ آهن، مس، سرب، روی و طلا به مناطق تولیدکننده و مناطق محروم کشور، طرح مجازات استفاده غیرمجاز از عناوین علمی، طرح مقررات امور پزشکی، دارویی و مواد خوردنی، آشامیدنی، آرایشی و بهداشتی، طرح الزام دولت به حمایت همه‌جانبه از مردم مظلوم فلسطین و طرح حمایت از بازسازی بافت‌های فرسوده اشاره کرد. او در دوره‌های نهم، دهم، یازدهم و دوازدهم نیز از تبریز نماینده مجلس شد.
پس از انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۱۳۸۸ نطق آتشین پزشکیان در انتقاد از رفتارها با معترضان به نتیجه انتخابات دقایقی جلسه مجلس را ناآرام کرد.
پزشکیان در نطق خود گفته‌های امام علی (ع) را تکرار کرد که به مالک اشتر نگارش شده بود: «مانند یک حیوان وحشی به جان مردم نیفت.» او همچنین با اشاره به این سخنان گفت: «وقتی می‌توانی مداخله تند نکنی، نزنی، نزن، نگو من امیرم، امر می‌کنم هر کسی صدایش دربیاید پدرش را در می‌آورم.»
پس از این نطق، مهدی کوچک‌زاده، نماینده تهران فریاد زد که «کلمه الحق یراد بها الباطل» به این معنا که سخن حقی را گفته اما نتیجه نادرستی از آن گرفته است. تعدادی از اصولگرایان نیز به دور پزشکیان حلقه زدند و غلامعلی حدادعادل به او گفت که باید جانب «انصاف» را رعایت می‌کرده و در محکومیت معترضان به انتخابات هم سخن می‌گفته است.
پس از مرگ رامین پوراندرجانی، پزشک بازداشتگاه کهریزک که معترضان پس از انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۱۳۸۸ در آن محبوس بودند، پزشکیان در ۲۶ آبان ۱۳۸۸ از پزشکی قانونی خواست علت مرگ او را اعلام کند و مرگ بر اثر سکته قلبی را متناسب با سن و سال پوراندرجانی ندانست. در جریان اعتراضات آبان و دی ۱۳۹۸ نیز پزشکیان همواره در دفاع از حقوق بازداشت‌شدگان و معترضان در مجلس صحبت کرد. او در مصاحبه‌ای با روزنامه خراسان روش مدیریتی اعتراضات آبان ۱۳۹۸ ایران را از نظر علمی و عقلی غلط دانست و گفت نمی‌شود که مردم یک طرف باشند و دولت با قاطعیت دستور بدهد؛ هر کسی هم خواست حرفی بزند، بزنیم و از بین ببریمش؛ این با هیچ عقل و منطقی همخوانی ندارد.
پزشکیان در مصاحبه‌ای دیگر در خصوص اعتراضات آبان ۱۳۹۸ ایران اذعان کرد به عنوان عضو هیات رییسه مجلس دهم، پیگیری‌ای در خصوص این حوادث انجام نداده و حتی اگر پیگیری‌ای هم صورت می‌گرفت، نهادهای مسوول به مجلس پاسخگو نبودند. او با اشاره به اینکه عده‌ای در اعتراضات آبان قصد اسقاط جمهوری اسلامی را داشتند و باید دقت کرد که چه گروه و جریانی افراد را به حضور در خیابان تحریک می‌کرد؛ در نهایت مدیریت کشور را در مجموع اتفاقات مقصر دانست و گفت: «ما باید بهتر عمل می‌کردیم.»
پزشکیان همچنین درباره اعتراضات دی ۱۳۹۸ در نطقی در مجلس از برخورد آمرانه با مردم در پی چنین حوادثی انتقاد کرد و با اشاره به نامه امام علی (ع) به مالک اشتر گفت ما باید با انصاف با مردم برخورد کنیم و برخورد خشن با مردم نداشته باشیم و باید از آمرانه عمل کردن و جبارانه برخورد کردن با مردم اجتناب کنیم. او با انتقاد از ادبیات آمرانه این روش را مورد نقد قرار داد و گفت: «قلب‌ها را سیاه می‌کند، دین را تضعیف می‌کند و انقلاب و دگرگونی‌ها را نزدیک می‌کند.»
در جلسه استیضاح علی ربیعی، وزیر کار و رفاه و تعاون، در تابستان ۹۷ در دفاع از او با اشاره به فضای اتهام‌زنی به مسوولان دولتی و اعضای خانواده‌های آنها گفته بود: «بنده وقتی وزیر بودم می‌گفتند که بچه‌های من در خارج هستند و دخترم بی‌ام‌و سوار می‌شود. حال که بچه‌های من روی خارج ندیده و آن زمان نه ماشین داشتند و نه از ماشین وزارتخانه استفاده می‌کردند.» در همین جلسه محمدرضا پورابراهیمی اتهاماتی را نسبت به دختر پزشکیان مطرح کرد و مدعی شد به دلیل استخدام دخترش در پتروشیمی جم از ربیعی دفاع می‌کند. روز بعد خبرگزاری رسمی مجلس ویدیویی از زندگی دختر پزشکیان منتشر کرد که هنوز هم در فضای مجازی و رسانه‌ای بازنشر می‌شود. او با دعوت از رسانه‌ها برای بررسی زندگی شخصی خود و فرزندانش نشان داد که خانواده‌اش تاکنون کارنامه شفافی در مسائل اقتصادی داشته‌اند و از فساد و رانت فامیلی که دامن بسیاری از چهره‌های را در برگرفته در امان مانده‌اند.
با رخ دادن اعتراضات در پاییز ۱۴۰۱ پزشکیان در سخنرانی‌ای به مناسبت اربعین حسینی با اشاره به اتفاق رخ داده اعلام کرد، نمی‌داند علت و نوع مرگ مهسا امینی چیست؛ اما اگر بابت این اتفاق «زمین دهان باز کند و آدم خودش بمیرد جا دارد.»
او در ادامه با حضور در صداوسیما اعلام کرد از نظر علمی نمی‌شود گفت که مهسا امینی بی‌دلیل فوت کرده. او خواستار ایجاد یک تیم ارزیاب و شفاف‌سازی در خصوص این واقعه شد.
با تشدید اعتراضات پزشکیان با صدور بیانیه‌ای ضمن محکوم کردن حرکت‌های تند، آنچه «دمیدن در آتش خشم و کینه و افتادن کشور در التهاب و آشوب» خواند را به نفع مردم ندانست و آن را به سود منافقان و دشمنان ایران ارزیابی کرد و نسبت به «کشتن برادران نیروی انتظامی و بسیجی و تخریب اماکن و اموال عمومی» ابراز نگرانی کرد. همچنین در این بیانیه تسریع در شفاف نمودن علت مرگ مهسا امینی توسط تیمی کارشناسی و بی‌طرف و ارزیابی عملکرد و میزان کارایی یا عدم کارایی گشت موسوم به امنیت اخلاقی و تأکید بر برخورد عزتمندانه توأم با دلسوزی و خیرخواهی و به دور از اجبار و امر و نهی با مردم را به عنوان راه‌های برون‌رفت از وضعیت پیش‌آمده، پیشنهاد کرد.
او در آن ایام بارها در گفت‌وگوهای خود نحوه برخورد با معترضان دستگیر شده و محاکمه آنها را مغایر قانون اساسی دانست و خواستار فراهم شدن امکان دسترسی به وکیل برای متهمان شد. او التهاب جامعه را ناشی از عدم اجرای قانون به نحوی که نوشته شده دانست. او گفت: «اگر بخواهیم باز هم تندروی کنیم و خارج از چارچوب‌های قانون برخورد کنیم، بازداشت کنیم و اطلاع ندهیم، خلاف قانون کاری کنیم یا مثلا اضافه‌تر از زمان قانونی در بازداشت نگه داریم؛ اگر چنین کارهایی انجام بدهیم وضعیت را بدتر خواهیم کرد که بهتر نمی‌شود.»
پزشکیان به همراه علی‌اکبر ولایتی، به عنوان دو پزشک، برای جلب رضایت خانواده روح‌الله عجمیان و جلوگیری از حکم اعدام برای حمید قره‌حسنلو، پزشک رادیولوژی و از متهمان آن پرونده، دیدار و رایزنی کردند. بعدها خانواده عجمیان که اصرار به اعدام قره‌حسنلو داشتند و ولایتی و پزشکیان را مسبب لغو حکم اعدام خواندند.
پزشکیان در گفت‌وگویی در برنامه دستخط در صداوسیما روایت کرده است که در ابتدای انقلاب قانون پوشش زنان را پیش از نهایی شدن قانون حجاب اجباری در دانشگاه علوم‌پزشکی اجرا کرده. او در این گفت‌وگو در آذر سال ۱۳۹۳ در این باره گفته است که «اول انقلاب مسوول پاکسازی بودم هنوز بحث حجاب نشده بود حجاب را در بیمارستان‌ها و دانشگاه‌ها اجباری کردم. با دادگاه انقلاب هماهنگ کردم بخشنامه کردم که همه باید روسری و مانتو و لباس آستین بلند بپوشید.» با این وجود او در همین گفت‌وگو تاکید می‌کند که برخورد تندی با کسی انجام نشده و با صحبت افراد را برای این پوشش قانع کرده است. چهار دهه بعد اما پزشکیان یکی از سرسخت‌ترین منتقدان شیوه کنترل حجاب و گشت ارشاد و طرح حجاب مجلس یازدهم شد.
او بارها با تاکید بر اینکه «نباید برخورد حکومت در زمینه پوشش زنان اجباری باشد» در ایام رقابت‌های انتخاباتی گفت: «نمی‌تواند قول غیرعملی بدهد و ناچار است متصدیان و متولیان گشت ارشاد را قانع کند که از برخورد با زنانی که حجاب اجباری را برنمی‌تابند، خودداری ورزند.»
پزشکیان چه در زمان نمایندگی مجلس و چه در ایام کاندیداتوری انتخابات بارها تصریح کرد که معتقد به کار فرهنگی و تربیتی در این زمینه است و استفاده از زور و اجبار را منجر به عناد مردم با مذهب و حکومت ارزیابی می‌کند. با بازگشت دوباره گشت ارشاد در سال ۱۴۰۲ به خیابان‌ها، پزشکیان این روش را برای نظام مشکل‌زا دانست.
در سال ۱۳۹۰، ۷۹ نماینده منتقد دولت از محمود احمدی‌نژاد سوال پرسیدند که یکی از این سوالات به سخنان او در مورد نقش دولت در «مبارزه با بدحجابی» اختصاص داشت. نام مسعود پزشکیان یکی از نمایندگان امضاکننده این سوالات بود. ستاد رسمی مسعود پزشکیان در فرآیند چهاردهمین انتخابات ریاست‌جمهوری اعلام کرد پزشکیان به هیچ وجه موافق این بند از سوالات طرح شده از رییس دولت دهم نبوده است و توضیح داد چون طرح سوال از رییس‌جمهور نیازمند درخواست حداقل یک چهارم نمایندگان مجلس است، سوالات مختلف نمایندگان، تجمیع شده و به صورت یکجا ارسال شد و امضای پزشکیان در فرآیند سوال از احمدی‌نژاد ناظر به این بند نبوده و بندهای دیگر سوالات مطرح شده، مدنظر او بوده است. این ستاد توضیح داد برای عملیاتی شدن طرح سوال از رییس‌جمهور نیاز به تجمیع سوالات بود تا هم از تکرار این فرآیند جلوگیری شود و در عین حال نمایندگان بیشتری بتوانند سوالات خود را از رییس‌جمهور بپرسند.
پزشکیان در جریان مبارزات چهاردهمین انتخابات ریاست‌جمهوری، طرح نور برای برقراری مجدد گشت ارشاد را به سیاهی تشبیه کرد. موضوعی که در فضای مجازی نیز ترند شد.
او در ایام مبارزات انتخاباتی بیان کرد که نوع برخورد ما با زنان و دخترانی که نوع پوشش آنها با آنچه ما می‌خواهیم فرق کند، باید متفاوت باشد و نباید اجبار و زور باشد. آیا ما می‌خواهیم به زور با کسانی که مانند آنچه ما می‌خواهیم زندگی نمی‌کنند، برخورد کنیم. اگر خدا چنین می‌خواست، خود همه را به یک جهت و شکل قرار می‌داد.
او با تاکید بر اینکه « گشت ارشاد و جریمه و توبیخ، قطعا در این راستا نیست» گفت که «ما باید با زبان خوش با زنان و دختران برخورد کنیم. نباید رفتار ما باعث شود که وقتی کسی از بیرون به ما نگاه کند، به عنوان مردم از ما نپذیرند. تعداد دختران [بی‌حجاب] کم نیست؛ از مردم بپرسید رفتارهای شما را با این قشر چقدر قبول دارند؟»
او همچنین گفت که در حوزه هنر و سینما نیز کار با کاردانان باید باشد و دولت نظارت کند. کار باید به امثال خانه سینما و... سپرده شود. چرا باید کارگردانان و هنرمندان ما به جایی برسند که از کشور بروند و ممنوع الخروج شوند؟ ما فرهنگ را امنیتی کردیم. این باعث شده نسل جوان ما نسبت به رفتارهای ما زده شوند.
پزشکیان از مخالفان طرح صیانت در مجلس یازدهم بوده است. او همراه با غلامرضا نوری قزلجه و رشیدی کوچی تندترین گفت‌وگوها را در نقد این طرح داشت. او در جریان چهاردهمین انتخابات ریاست‌جمهوری، وی از محدودیت‌های اینترنتی و فیلترینگ انتقاد کرد و آن را عامل ساقط کردن کسب وکارهای مجازی دانست.
پزشکیان از اعضای کمیسیون بررسی برجام در دوره دهم مجلس بوده است و به طور کلی از مفاد آن حمایت کرده است. وی مخالفان برجام را از «کاسبان تحریم» خواند.
او همچنین همواره از پیوستن ایران به FATF حمایت کرده و معتقد است که پیوستن به این معاهده برای شفافیت اقتصادی ایران ضروری است. پزشکیان استدلال می‌کند که حتی چین هم بدون رفع مشکل FATF در ایران سرمایه‌گذاری نخواهد کرد. او بارها تاکید کرده که وقتی مخالفان اف‌ای‌تی‌اف می‌گویند برای کمک به گروه‌های منطقه‌ای نمی‌توان این معاهده را پذیرفت باید مشابه و نمونه داخلی FATF راه‌اندازی شود تا مشخص باشد پول‌های کشور کجا می‌رود.
او درباره برجام و پذیرش FATF و تغییر ادبیات دولت سیزدهم نسبت به این موضوعات گفته است: «کلیت موضوع بسیار روشن است، یک‌سری مجامع بین‌المللی برای برخی کارها وجود دارد مثلا فیفا (فدراسیون جهانی) در فوتبال، در فیفا اگر شما قواعدش را نپذیرید شما را بازی نمی‌دهد. بانک‌ها هم یک مجموعه‌ای ایجاد کردند که یک سری مقررات دارد، اگر آنهایی که در آنجا عضو هستند، مقررات این مجموعه را نپذیرند در آن بانک‌ها نمی‌توانند تراکنش و نقل و انتقال مالی داشته باشند که در نتیجه در مبادلات بین‌بانکی به شدت دچار مشکل می‌شود. همین چین و روسیه که ما می‌گوییم ارز مشترک ایجاد می‌کنند یا ارزی در حوزه کشورهای هم‌پیمان ایجاد خواهند کرد، همگی عضو FATF هستند و کار خودشان را پیش می‌برند. اینها خودشان دارند کارهای خودشان را می‌کنند، ولی به ما که می‌رسد ما می‌گوییم: «خیر، قرار است پول منطقه‌ای یا پول مشترک ایجاد کنند»؛ خب آنها ایجاد کنند و از FATF هم خارج شوند و با قواعد آن معامله نکنند، چرا این کار را نمی‌کنند؟»
پزشکیان در آخرین روز انتخابات ۱۳۹۲ خود را نامزد ریاست‌جمهوری کرد اما بعدا به علت ثبت‌نام اکبر هاشمی رفسنجانی انصراف داد. سال گذشته، صلاحیت این وزیر سابق برای انتخابات مجلس، ابتدا از سوی هیات اجرایی وزارت کشور رد شد که بعدا با اعتراض او از سوی شورای نگهبان تایید شد. هیات اجرایی انتخابات، صلاحیت او را بر اساس بند «عدم التزام به جمهوری اسلامی» رد کرده بود.
او برای انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۴۰۰ هم نام نویسی کرد که شورای نگهبان صلاحیت او را تایید نکرد. اما در انتخابات زودهنگام ۱۴۰۳ صلاحیت او تایید شد.
مسعود پزشکیان در آستانه انتخابات اخیر مجلس گفته بود: «من از جزییات تصمیمات جبهه اصلاحات خبر ندارم، ولی بارها این مساله را گفته‌ام که وقتی بازیکنان اصلی یک تیم در میدان حضور دارند، ولی حتی بازیکنان ذخیره تیم دیگر در میدان نیستند، آیا اصلا امکان رقابت بین این دو تیم وجود دارد؟ یک عده اصلا در انتخابات این دوره شرکت نکردند، چون این پیش‌بینی را داشتند که هیچ شانسی برای تأیید صلاحیت آنها وجود ندارد.»
جبهه اصلاحات برای انتخابات ریاست‌جمهوری عباس آخوندی، مسعود پزشکیان و اسحاق جهانگیری را نامزدهای مورد قبول اصلاح‌طلبان خوانده بود که با حذف آن دو، پزشکیان تنها گزینه اصلاح‌طلبان برای انتخابات شد. پزشکیان در سخنرانی در جبهه اصلاحات خود را یک اصولگرای اصلاح‌طلب خواند و گفت: «من اصولگرایم و این اصولی است که به خاطرش می‌خواهیم اصلاح کنیم.»
او پیش از این نیز گفته است: «من همان آدمی هستم که قبل از انقلاب بودم نه چپ شدم نه راست.» کما اینکه در یک نشست خبری در جریان انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۴۰۳ گفت: «اینکه درجلسه مجمع عمومی جبهه اصلاحات ایران گفته‌ام من اصولگرا هستم، به این دلیل است که اصولی دارم و آن هم حق و عدالت است. برای رسیدن به این دو اصل باید اصلاحات کرد. نمی‌توان بدون اصلاحات به حق و عدالت رسید.
