آیت الله سید ابراهیم رئیسی در آذرماه سال 1339 هجری شمسی در خانواده‌‌ای روحانی در شهر مشهد و در محله نوغان دیده به جهان گشود. پدر ایشان حجت الاسلام سیدحاجی رئیس الساداتی و همچنین مادر وی سیده عصمت خدادادحسینی از سلاله سادات حسینی و نسبت اش از هر دو طرف به حضرت زید بن علی بن الحسین (ع) می‌رسد. دکتر رئیسی در 5 سالگی پدر خود را از دست داد.
او تحصیلات ابتدایی را در مدرسه جوادیه گذرانده و تحصیل در علوم حوزوی را در مدرسه نواب و سپس در مدرسه آیت الله موسوی‌نژاد شروع کرد. در سال 1354 جهت ادامه تحصیل به حوزه علمیه قم و مدرسه آیت الله بروجردی رفت و مدتی نیز در مدرسه‌ای که با مدیریت آیت الله پسندیده تحت نظر امام خمینی اداره می‌شد، تحصیل نمود.
