رابطه جواد نکونام و امیر قلعه‌نویی از اواسط سال ۹۲ به سردی گرایید و طرفین گاهی اوقات علیه یکدیگر مصاحبه‌هایی نیز انجام می‌دادند.
در همین راستا امیر قلعه‌نویی ۱۱مرداد سال ۱۳۹۳ هنگامی که هدایت استقلال را بر عهده داشت، به حرف‌های جواد نکونام واکنش نشان داد و با تاکید بر اینکه برای دور برگشت لیگ سیزدهم اصلا نکونام را نمی‌خواست، گفت: جواد نکونام قبل از اینکه از استقلال برود بالغ بر ۱۰ بار با من تماس گرفت. او حتی پس از دریافت رضایت‌نامه خود نیز چنین کاری را انجام داد بنابراین حالا من یک سوال دارم: اگر امیر قلعه‌نویی تا این حد که می‌گوید بد است، پس چرا مرتب به من زنگ می‌زد؟ آقای نکونام! اگر من این‌قدر بد هستم چرا این همه با من تماس می‌گرفتی؟
سرمربی وقت استقلال ادامه داد: نکونام گفته که من پشت فتح‌الله‌زاده پنهان شدم! آیا خود نکونام در برنامه تلویزیونی با فتح‌الله‌زاده جر و بحث نکرد؟
